PDB-3i6u: Structure and Activation Mechanism of the CHK2 DNA-Damage Checkpo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i6u

タイトル

Structure and Activation Mechanism of the CHK2 DNA-Damage Checkpoint Kinase

要素

Serine/threonine-protein kinase Chk2

キーワード

TRANSFERASE / Ser/Thr protein kinase / FHA domain / ATP-binding / Cell cycle / Disease mutation / Kinase / Li-Fraumeni syndrome / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of anoikis / mitotic DNA damage checkpoint signaling / response to glycoside / cellular response to bisphenol A / regulation of autophagosome assembly / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / thymocyte apoptotic process / cellular response to stress / regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA damage checkpoint ...positive regulation of anoikis / mitotic DNA damage checkpoint signaling / response to glycoside / cellular response to bisphenol A / regulation of autophagosome assembly / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / thymocyte apoptotic process / cellular response to stress / regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA damage checkpoint / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / mitotic spindle assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / DNA damage checkpoint signaling / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Stabilization of p53 / protein catabolic process / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to gamma radiation / PML body / Regulation of TP53 Activity through Methylation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of TP53 Degradation / cellular response to xenobiotic stimulus / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / protein autophosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Pavletich, N.P.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structure and activation mechanism of the CHK2 DNA damage checkpoint kinase.
著者: Cai, Z. / Chehab, N.H. / Pavletich, N.P.

履歴

登録	2009年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i6u.cif.gz	164 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i6u.ent.gz	130.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i6wC 1a06S 1gxcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i6w-4 3i6w-3 3i6w-1 6hkg-d 5ki6-d 3i6w-2 3zkw-d 5gqq-d 7b0f-d 4kxt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase Chk2

B: Serine/threonine-protein kinase Chk2

96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.900, 152.200, 52.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	VAL	VAL	A	A	89 - 150	6 - 67
2	1	1	THR	THR	VAL	VAL	B	B	89 - 150	6 - 67
1	2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	156 - 204	73 - 121
2	2	1	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	156 - 204	73 - 121
1	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	A	A	212 - 259	129 - 176
2	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	B	B	212 - 259	129 - 176
1	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	268 - 307	185 - 224
2	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	268 - 307	185 - 224
1	1	3	GLU	GLU	ASP	ASP	A	A	308 - 368	225 - 285
2	1	3	GLU	GLU	ASP	ASP	B	B	308 - 368	225 - 285
1	2	3	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	388 - 397	305 - 314
2	2	3	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	388 - 397	305 - 314
1	3	3	ASN	ASN	GLU	GLU	A	A	405 - 429	322 - 346
2	3	3	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	405 - 429	322 - 346
1	4	3	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	434 - 501	351 - 418
2	4	3	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	434 - 501	351 - 418

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

transient dimer

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase Chk2 / Cds1 分子量: 48113.102 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 84-502 / 変異: K249R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHEK2, CHK2, RAD53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O96017, non-specific serine/threonine protein kinase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1:1 ratio mix of protein solution (~12 mg/ml protein in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM dithiothreitol (DTT), 3% (v/v) glycerol, pH 8.0and well bifffer ( 50 mM Na2SO4 Sulfate, 14% (w/v) ...詳細: 1:1 ratio mix of protein solution (~12 mg/ml protein in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM dithiothreitol (DTT), 3% (v/v) glycerol, pH 8.0and well bifffer ( 50 mM Na2SO4 Sulfate, 14% (w/v) PEG 3350). Crystals were flash frozen in crystallization buffer supplemented with 16-20 % (v/v) glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1:1 ratio mix of protein solution (~12 mg/ml protein in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM dithiothreitol (DTT), 3% (v/v) glycerol, pH 8.0and well bifffer ( 50 mM Na2SO4 Sulfate, 14% (w/v) ...

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97922
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. obs: 20144 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.96 % / R_sym value: 0.051

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GXC, 1A06

1gxc

1a06

解像度: 3→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / SU B: 38.384 / SU ML: 0.325 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	1493	7.8 %	RANDOM
R_work	0.244	-	-	-
obs	0.247	17738	95.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6227	0	0	0	6227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6363
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.967	8580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.856	5	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.12	24.013	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.389	15	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.363	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.295	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.359	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.701	1.25	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.914	2.25	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.72	2	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.301	3.5	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	927	tight positional	0.01	0.03
2	704	tight positional	0.01	0.03
3	1333	tight positional	0.02	0.03
1	927	tight thermal	3.09	15
2	704	tight thermal	4.93	15
3	1333	tight thermal	4.82	15

LS精密化シェル

解像度: 3→3.07 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.515	84	-
R_work	0.405	1024	-
obs	-	-	78.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.4786	2.1578	-3.4128	8.4221	-3.2044	9.2414	0.087	-0.0886	0.1077	0.1591	0.0408	-0.2862	0.0231	-0.1488	-0.1278	0.0995	-0.3294	-0.0979	-0.3399	0.0742	-0.2009	-12.1402	30.3759	29.9902
2	10.312	-0.285	-0.3617	10.6455	-1.9944	7.1883	-0.1415	-0.0896	-1.4449	0.9736	0.0451	-1.5778	0.5213	0.9321	0.0965	0.225	-0.0402	-0.3981	0.0934	0.1081	0.5588	15.3898	30.0911	27.7949
3	8.6949	4.5235	1.089	5.9714	-1.0842	6.0292	0.0684	0.5409	-1.0631	-0.4495	0.396	0.6268	0.5806	-1.096	-0.4644	-0.037	-0.2448	-0.0305	-0.0158	-0.0673	-0.0245	10.2798	50.1913	5.8403
4	9.1807	2.729	4.2703	7.3522	2.2068	7.9789	0.2008	-0.4576	1.3241	0.4679	-0.3934	0.7196	-0.0973	-0.1991	0.1926	0.2223	-0.107	0.4421	-0.0082	0.0585	0.4073	-8.0137	60.1835	27.0735
5	4.3992	0.2323	-0.3748	3.2581	0.6009	5.1987	-0.1321	0.2549	0.1101	-0.0469	0.0627	0.4701	0.1826	-0.8718	0.0695	-0.5743	-0.0415	-0.0378	-0.3887	0.0816	-0.6663	20.4169	74.8919	14.2171
6	4.2744	0.7917	-0.5667	5.3875	0.4962	8.1536	-0.2745	0.2612	0.552	-0.4289	0.1198	1.2346	-0.6346	-0.9203	0.1547	-0.0758	0.1189	-0.0262	0.2253	0.2862	0.9522	-18.811	69.303	2.4171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	89 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	89 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	208 - 305
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	208 - 305
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	306 - 501
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	306 - 501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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