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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b0f | ||||||
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Title | TgoT_6G12 Binary complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / archaea / polymerase | ||||||
Function / homology | ![]() nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Samson, C. / Legrand, P. / Tekpinar, M. / Rozenski, J. / Abramov, M. / Holliger, P. / Pinheiro, V. / Herdewijn, P. / Delarue, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Studies of HNA Substrate Specificity in Mutants of an Archaeal DNA Polymerase Obtained by Directed Evolution. Authors: Samson, C. / Legrand, P. / Tekpinar, M. / Rozenski, J. / Abramov, M. / Holliger, P. / Pinheiro, V.B. / Herdwijn, P. / Delarue, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 335.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 270.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 740.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 749.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7b06C ![]() 7b07C ![]() 7b08C ![]() 7b0gC ![]() 7b0hC ![]() 1tgoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 89884.258 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 1784.204 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 4000.624 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Chemical | ChemComp-TTP / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 10% PEG 20K and 0.1 M MES-NaOH pH6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 30, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.797→46.7 Å / Num. obs: 31065 / % possible obs: 99.57 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 107.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1749 / Net I/σ(I): 7.18 |
Reflection shell | Resolution: 2.797→2.897 Å / Rmerge(I) obs: 1.737 / Num. unique obs: 3015 / CC1/2: 0.319 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1tgo Resolution: 2.797→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU R Cruickshank DPI: 0.707 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.632 / SU Rfree Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.308
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Displacement parameters | Biso max: 159.36 Å2 / Biso mean: 90.08 Å2 / Biso min: 32.95 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.52 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.797→46.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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