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万見
- PDB-3i5w: Crystal structure of human alpha-defensin 5 (mutant R13H) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5w
タイトルCrystal structure of human alpha-defensin 5 (mutant R13H)
要素Defensin-5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / human alpha-defensin 5 / HD5 / antimicrobial peptide / Antibiotic / Antimicrobial / Defensin / Disulfide bond / Fungicide / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus / transport vesicle / secretory granule / innate immune response in mucosa / positive regulation of interleukin-8 production ...positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus / transport vesicle / secretory granule / innate immune response in mucosa / positive regulation of interleukin-8 production / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / midbody / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Defensin alpha 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Pazgier, M. / Lu, W.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2009
タイトル: Selective arginines are important for the antibacterial activity and host cell interaction of human alpha-defensin 5
著者: de Leeuw, E. / Rajabi, M. / Zou, G. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Derived calculations
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月27日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin-5
B: Defensin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3754
ポリマ－7,1502
非ポリマー2252
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.018, 49.754, 62.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-33-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 32 / Label seq-ID: 1 - 32

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-5 / Defensin / alpha 5


分子量: 3575.181 Da / 分子数: 2 / 変異: R13H / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01523
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 20% 2-propanol, 0.1M Na citrate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月15日 / 詳細: confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→38.891 Å / Num. all: 9653 / Num. obs: 9433 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 399 / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZMP

1zmp


解像度: 1.63→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.092 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 456 4.8 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 9429 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.81 Å2 / Biso mean: 28.288 Å2 / Biso min: 18.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数488 0 14 65 567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7331.995701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.546566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.4971720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.5341588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9171510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2081.5322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0212515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0383196
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2724.5184
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 238 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.625
LOOSE THERMAL3.3510
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 30 -
Rwork0.263 609 -
all-639 -
obs--90.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.85020.01050.292.24940.26842.8170.04750.032-0.19550.02660.0528-0.06620.21910.1177-0.10030.04560.0132-0.01190.0101-0.00020.02522.118-7.77811.0245
21.45021.8323-1.89563.9555-2.1642.5411-0.14290.1125-0.0472-0.27780.0958-0.01580.1168-0.12780.04710.0947-0.03570.00290.08010.00010.0823-10.1341-13.31569.7572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION1A33
3X-RAY DIFFRACTION1A34 - 66
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 32
5X-RAY DIFFRACTION2B33
6X-RAY DIFFRACTION2B34 - 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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