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- PDB-3i5v: Crystal structure of beta toxin 275-280 from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i5v
タイトルCrystal structure of beta toxin 275-280 from Staphylococcus aureus
要素Beta-hemolysin
キーワードTOXIN / beta toxin / hemolysin / sphingomyelinase
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin metabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase activity / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / hemolysis in another organism / : / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sphingomyelin phosphodiesterase 2-like / Sphingomyelinase C/phospholipase C / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIACYL GLYCEROL / Beta-hemolysin / Phospholipase C
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Huseby, M. / Shi, K. / Kruse, A.C. / Ohlendorf, D.H.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and biological functions of beta toxin from Staphylococcus aureus: Role of the hydrophobic beta hairpin in virulence
著者: Huseby, M. / Shi, K. / Kruse, A.C. / Digre, J. / Mengistu, F. / Bohach, G.A. / Schlievert, P.S. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: Structure and biological activities of beta toxin from Staphylococcus aureus.
著者: Huseby, M. / Shi, K. / Brown, C.K. / Digre, J. / Mengistu, F. / Seo, K.S. / Bohach, G.A. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hemolysin
B: Beta-hemolysin
C: Beta-hemolysin
D: Beta-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,8715
ポリマ－142,2464
非ポリマー6251
水2,090116
1
A: Beta-hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5621
ポリマ－35,5621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5621
ポリマ－35,5621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5621
ポリマ－35,5621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1872
ポリマ－35,5621
非ポリマー6251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.184, 69.053, 75.654
Angle α, β, γ (deg.)93.06, 94.60, 92.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta-hemolysin


分子量: 35561.543 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-330 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: RN4220 / 遺伝子: hlb / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7LAI8, UniProt: P09978*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A DELETION MUTANT DELTA(308-313)/DG, IN WHICH RESIDUES 308-313 HAVE BEEN DELETED AND ...THIS IS A DELETION MUTANT DELTA(308-313)/DG, IN WHICH RESIDUES 308-313 HAVE BEEN DELETED AND REPLACED WITH RESIDUES ASP-GLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15-0.25 M NaF, 28-34% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→38.4 Å / Num. all: 22252 / Num. obs: 22252 / % possible obs: 94.97 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 38.626 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.99 Å / % possible all: 38.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Wild-type beta toxin from Staphylococcus aureus

解像度: 2.8→38.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2667 22252 -Random
Rwork0.2141 ---
all0.2141 22252 --
obs0.2141 21132 94.97 %-
原子変位パラメータBiso max: 281.22 Å2 / Biso mean: 85.412 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9122 0 17 116 9255
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3722-0.02120.31010.0829-0.55861.31390.0919-0.1645-0.02190.25880.07740.00240.0481-0.1217-0.13290.7739-0.10680.03690.34430.00010.3639-4.0646-23.66721.63
20.23970.0767-0.28590.06840.24122.02820.01260.1663-0.0078-0.11530.0695-0.0085-0.27540.458-0.07910.3629-0.11280.02320.4865-0.01480.329619.63568.072444.2485
3-0.22750.0581-0.0230.2280.14242.9461-0.0438-0.03830.01450.0285-0.00950.0128-0.39380.61010.04720.3059-0.0346-0.00060.39680.00890.318422.398613.56736.6505
40.29040.1228-0.05240.05980.13241.8814-0.0566-0.0238-0.00930.05350.0954-0.00820.4672-0.212-0.02060.4433-0.01640.02840.3030.01660.3241-4.1109-22.1183-16.0242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA9
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB9
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC9
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD9 - 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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