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- PDB-3i4x: Crystal structure of the dimethylallyl tryptophan synthase FgaPT2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i4x
タイトルCrystal structure of the dimethylallyl tryptophan synthase FgaPT2 from Aspergillus fumigatus in complex with Trp and DMSPP
要素Tryptophan dimethylallyltransferase
キーワードTRANSFERASE / prenyl transferase / dimethylallyl tryptophan synthase / PT barrel / tryptophan complex / Dimethylallyl S-thiolodiphosphate complex / Alkaloid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


4-dimethylallyltryptophan synthase / tryptophan dimethylallyltransferase activity / fumigaclavine C biosynthetic process / prenyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / TRYPTOPHAN / Tryptophan dimethylallyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schall, C. / Zocher, G. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The structure of dimethylallyl tryptophan synthase reveals a common architecture of aromatic prenyltransferases in fungi and bacteria
著者: Metzger, U. / Schall, C. / Zocher, G. / Unsoeld, I. / Stec, E. / Li, S.-M. / Heide, L. / Stehle, T.
履歴
登録2009年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年10月16日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan dimethylallyltransferase
B: Tryptophan dimethylallyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1018
ポリマ－105,9842
非ポリマー1,1176
水10,539585
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.070, 97.850, 125.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan dimethylallyltransferase / L-tryptophan dimethylallyl transferase / DMATS / All-trans-hexaprenyl-diphosphate synthase


分子量: 52992.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q50EL0, 4-dimethylallyltryptophan synthase
#2: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1. RESIDUE SER443ALA IS A NATURAL VARIENT IN STRAIN: B5233 / ATCC 13073 OF DMAW_ASPFU ...1. RESIDUE SER443ALA IS A NATURAL VARIENT IN STRAIN: B5233 / ATCC 13073 OF DMAW_ASPFU (UNIPROTKB/SWISS-PROT Q50EL0). 2. AUTHOR CANNOT CLARIFY RESIDUES A 452(GLY) TO 454(TYR) BELONG TO EITHER CHAIN A OR CHAIN B. RESIDUES A 452(GLY) TO 454(TYR) WERE ASSIGNED TO CHAIN A TEMPORARY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 26% 1,3-butanediol, 50mM sodium L-lactate, 100mM sodium MOPSO pH 7.0, 2mM DTT, vapour diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.275 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月25日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.275 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→24.94 Å / Num. all: 59038 / Num. obs: 58992 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Num. unique all: 58992 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC5.5.0070位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I4Z

3i4z


解像度: 2.1→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 8.554 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT R free / σ(F): 0 / σ(I): 3.44 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1663 3 %RANDOM
Rwork0.149 ---
all0.15 55615 --
obs0.151 55615 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.28 Å2 / Biso mean: 32.424 Å2 / Biso min: 5.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6871 0 70 585 7526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.9649800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1975861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05622.73337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.945151180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0341559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.69934288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55246957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25732904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.11742835
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 125 -
Rwork0.17 4037 -
all-4162 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4226-0.04030.04820.8191-0.13490.5655-0.0355-0.0294-0.02450.0144-0.00730.0137-0.0315-0.00310.04270.00470.00240.00020.21630.00480.193731.60480.95611.329
20.3036-0.1453-0.01920.92590.08250.460.02590.0277-0.01730-0.03690.01630.0143-0.03250.0110.02730.00120.01380.2038-0.00990.196213.16473.4547.062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 425
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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