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- PDB-4j6b: The 2.2 A crystal structure of CYP154C5 from Nocardia farcinica i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j6b | ||||||
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Title | The 2.2 A crystal structure of CYP154C5 from Nocardia farcinica in complex with pregnenolone | ||||||
![]() | Cytochrome P450 monooxygenase | ||||||
![]() | oxidoreductase/substrate / Cytochrom P450 / steroid hydroxylating monooxygenase / steroid binding / oxidoreductase-substrate complex | ||||||
Function / homology | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Herzog, K. / Hoffmann, K.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Enzyme-substrate complex structures of CYP154C5 shed light on its mode of highly selective steroid hydroxylation. Authors: Herzog, K. / Bracco, P. / Onoda, A. / Hayashi, T. / Hoffmann, K. / Schallmey, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 330.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 268 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 52.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4j6cC ![]() 4j6dC ![]() 4jbtC ![]() 1gwiS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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Details | biological unit is one chain of the dimer in the asym. unit |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45376.809 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 501 molecules ![](data/chem/img/PLO.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-K / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.3 M MgCHO2 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 9, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→82.63 Å / Num. all: 43848 / Num. obs: 43848 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.9 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB-entry 1GWI Resolution: 2.2→82.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.1889 / WRfactor Rwork: 0.1429 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8893 / SU B: 9.457 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.2445 / SU Rfree: 0.1844 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.184 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.47 Å2 / Biso mean: 42.2999 Å2 / Biso min: 19.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→82.63 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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