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Yorodumi- PDB-4jbt: The 2.2 A crystal structure of CYP154C5 from Nocardia farcinica i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jbt | ||||||
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Title | The 2.2 A crystal structure of CYP154C5 from Nocardia farcinica in complex with androstenedione | ||||||
Components | Cytochrome P450 monooxygenase | ||||||
Keywords | oxidoreductase/substrate / Cytochrom P450 / steroid hydroxylating monooxygenase / steroid binding / oxidoreductase-substrate complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Nocardia farcinica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Herzog, K. / Hoffmann, K.M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2014 Title: Enzyme-substrate complex structures of CYP154C5 shed light on its mode of highly selective steroid hydroxylation. Authors: Herzog, K. / Bracco, P. / Onoda, A. / Hayashi, T. / Hoffmann, K. / Schallmey, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jbt.cif.gz | 326.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jbt.ent.gz | 279.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jbt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jbt_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4jbt_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 4jbt_validation.xml.gz | 35.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4jbt_validation.cif.gz | 49.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbt | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45376.809 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nocardia farcinica (bacteria) / Strain: IFM 10152 / Gene: NFA_53110 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C43 (DE3) / References: UniProt: Q5YNS8 |
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-Non-polymers , 6 types, 334 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M MgCHO2 in the reservoir, condition mixed 1:1 from protein stock and reservoir, cocrystallisation with steroid , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER AXS MICROSTAR / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 11, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→82.393 Å / Num. all: 40488 / Num. obs: 40488 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 2.4 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→51.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.2447 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.8636 / SU B: 9.406 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.0695 / SU Rfree: 0.0507 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.051 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.52 Å2 / Biso mean: 35.4107 Å2 / Biso min: 11.02 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→51.4 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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