PDB-3i47: CRYSTAL STRUCTURE OF putative enoyl CoA hydratase/isomerase (crot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i47

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative enoyl CoA hydratase/isomerase (crotonase) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

要素

Enoyl CoA hydratase/isomerase (Crotonase)

キーワード

LYASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / crotonase / Isomerase / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

isoprenoid catabolic process / enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative enoyl CoA hydratase/isomerase (crotonase) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i47.cif.gz	71.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i47.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i47_validation.pdf.gz	418.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i47_full_validation.pdf.gz	420 KB	表示
XML形式データ	3i47_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3i47_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/3i47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hgi-d 1rp3-2 2q7d-1 2y00-1 5eak-1 1yhn-d 2y02-1 4s2u-d 2uz9-d 5v7y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11251c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl CoA hydratase/isomerase (Crotonase)

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Enoyl CoA hydratase/isomerase (Crotonase)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.596, 124.596, 150.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-269- HOH
2	1	A-340- HOH

#1: タンパク質	Enoyl CoA hydratase/isomerase (Crotonase) 分子量: 29584.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1828 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q5ZUH0, enoyl-CoA hydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Enoyl CoA hydratase/isomerase (Crotonase)

分子量: 29584.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1828 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q5ZUH0, enoyl-CoA hydratase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 35% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 41.3 / 数: 911003 / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 2.59 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 115033 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.34	50	99.2	1	0.047	4.525	8.1
3.45	4.34	100	1	0.057	6.087	7.7
3.01	3.45	100	1	0.077	6.417	8
2.74	3.01	100	1	0.087	5.336	8
2.54	2.74	100	1	0.089	3.846	8
2.39	2.54	100	1	0.094	3.313	8
2.27	2.39	100	1	0.101	2.991	8
2.17	2.27	100	1	0.108	2.713	8
2.09	2.17	100	1	0.125	2.355	8
2.02	2.09	100	1	0.144	2.011	8
1.95	2.02	100	1	0.168	1.747	8
1.9	1.95	100	1	0.206	1.492	8
1.85	1.9	100	1	0.254	1.326	8
1.8	1.85	100	1	0.301	1.182	7.9
1.76	1.8	100	1	0.374	1.109	7.9
1.72	1.76	100	1	0.446	1.061	7.9
1.69	1.72	100	1	0.539	1.026	7.9
1.66	1.69	100	1	0.617	1.005	7.9
1.63	1.66	100	1	0.707	0.975	7.8
1.6	1.63	99.9	1	0.795	0.946	7.2

反射

解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 115033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 2.585 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.63	7.2	0.795	5748	0.946	1	99.9
1.63-1.66	7.8	0.707	5736	0.975	1	100
1.66-1.69	7.9	0.617	5747	1.005	1	100
1.69-1.72	7.9	0.539	5745	1.026	1	100
1.72-1.76	7.9	0.446	5788	1.061	1	100
1.76-1.8	7.9	0.374	5708	1.109	1	100
1.8-1.85	7.9	0.301	5745	1.182	1	100
1.85-1.9	8	0.254	5782	1.326	1	100
1.9-1.95	8	0.206	5766	1.492	1	100
1.95-2.02	8	0.168	5708	1.747	1	100
2.02-2.09	8	0.144	5820	2.011	1	100
2.09-2.17	8	0.125	5730	2.355	1	100
2.17-2.27	8	0.108	5748	2.713	1	100
2.27-2.39	8	0.101	5752	2.991	1	100
2.39-2.54	8	0.094	5777	3.313	1	100
2.54-2.74	8	0.089	5746	3.846	1	100
2.74-3.01	8	0.087	5747	5.336	1	100
3.01-3.45	8	0.077	5747	6.417	1	100
3.45-4.34	7.7	0.057	5765	6.087	1	100
4.34-50	8.1	0.047	5728	4.525	1	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.58→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.177 / WR_factor R_work: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.916 / SU B: 2.426 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.013 / SU R_free: 0.013 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.013 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.179	2987	5.1 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.168	59026	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.23 Å² / B_iso mean: 20.601 Å² / B_iso min: 8.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1993	0	0	349	2342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.09	1.962	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.109	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.002	24.946	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.69	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.286	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.875	3.5	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.53	50	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.821	50	759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.261	4.5	696

LS精密化シェル

解像度: 1.578→1.619 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	93	-
R_work	0.322	1951	-
all	-	2044	-
obs	-	-	45.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 44.55 Å / Origin y: 41.3933 Å / Origin z: 69.8381 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0063 Å²	0.0019 Å²	0.0017 Å²	-	0.0104 Å²	-0.0041 Å²	-	-	0.0271 Å²
L	0.2921 °²	-0.1328 °²	-0.0485 °²	-	0.8213 °²	-0.0319 °²	-	-	0.0528 °²
S	-0.0131 Å °	-0.0329 Å °	0.0121 Å °	0.0037 Å °	0.0255 Å °	0.0979 Å °	0.0138 Å °	0.0011 Å °	-0.0124 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	269 - 617

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