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万見
- PDB-1yhn: Structure basis of RILP recruitment by Rab7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yhn
タイトルStructure basis of RILP recruitment by Rab7
要素
  • Rab interacting lysosomal protein
  • Ras-related protein Rab-7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / RILP / Rab7
機能・相同性
機能・相同性情報


phagosome acidification / lipophagy / protein to membrane docking / positive regulation of viral process / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / synaptic vesicle recycling via endosome / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / Suppression of autophagy ...phagosome acidification / lipophagy / protein to membrane docking / positive regulation of viral process / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / synaptic vesicle recycling via endosome / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion / negative regulation of exosomal secretion / intralumenal vesicle formation / establishment of vesicle localization / retromer complex binding / phagosome maturation / presynaptic endosome / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / endosome to plasma membrane protein transport / protein localization to lysosome / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site membrane / positive regulation of exosomal secretion / melanosome membrane / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOD GTPase cycle / TBC/RABGAPs / retrograde transport, endosome to Golgi / RHOF GTPase cycle / dynein light intermediate chain binding / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / ciliary transition zone / CDC42 GTPase cycle / autophagosome membrane / RHOG GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / viral release from host cell / cilium assembly / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / bone resorption / autophagosome assembly / lipid catabolic process / phagocytic vesicle / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / lipid droplet / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / response to bacterium / negative regulation of protein catabolic process / mitochondrial membrane / phagocytic vesicle membrane / small GTPase binding / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / late endosome / late endosome membrane / protein transport / synaptic vesicle membrane / G protein activity / lysosome / protein dimerization activity / endosome membrane / ciliary basal body / lysosomal membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
YejL-like / YejL-like - #10 / Rab interacting lysosomal protein, dimerization domain / : / Rab interacting lysosomal protein / RH1 domain / RH2 domain / RILP homology 1 domain / RH1 domain profile. / RH2 domain profile. ...YejL-like / YejL-like - #10 / Rab interacting lysosomal protein, dimerization domain / : / Rab interacting lysosomal protein / RH1 domain / RH2 domain / RILP homology 1 domain / RH1 domain profile. / RH2 domain profile. / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Helix non-globular / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Special / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-7a / Rab-interacting lysosomal protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wu, M. / Wang, T. / Hong, W. / Song, H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for recruitment of RILP by small GTPase Rab7.
著者: Wu, M. / Wang, T. / Loh, E. / Hong, W. / Song, H.
履歴
登録2005年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-7
B: Rab interacting lysosomal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8354
ポリマ－31,2882
非ポリマー5472
水61334
1
A: Ras-related protein Rab-7
B: Rab interacting lysosomal protein
ヘテロ分子

A: Ras-related protein Rab-7
B: Rab interacting lysosomal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6718
ポリマ－62,5764
非ポリマー1,0954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area10810 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.134, 93.134, 132.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by symmetric operation.

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-7 / Rab7


分子量: 23501.748 Da / 分子数: 1 / 変異: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Rab7 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21* / 参照: UniProt: P51149
#2: タンパク質 Rab interacting lysosomal protein / RILP


分子量: 7786.252 Da / 分子数: 1 / Fragment: RILP effector domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RILP / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21* / 参照: UniProt: Q96NA2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, polyvinylpyrrolidone K15, HEPS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9175 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日 / 詳細: bent mirror
放射モノクロメーター: double crystal focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→51 Å / Num. all: 7314 / Num. obs: 7272 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 690 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T91

1t91


解像度: 3→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 -5 %random
Rwork0.268 ---
all-6904 --
obs-6904 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 33 34 2081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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