PDB-3i0v: Bacillus cereus metallo-beta-lactamase: apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i0v

タイトル

Bacillus cereus metallo-beta-lactamase: apo form

要素

Beta-lactamase 2

キーワード

HYDROLASE / Antibiotic resistance / Metallo-beta-lactamase superfamily / Zn-dependent hydrolase / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Gonzalez, J.M. / Buschiazzo, A. / Vila, A.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence of adaptability in metal coordination geometry and active-site loop conformation among B1 metallo-beta-lactamases .
著者: Gonzalez, J.M. / Buschiazzo, A. / Vila, A.J.

履歴

登録	2009年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i0v.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i0v.ent.gz	43.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i0v_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i0v_full_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示
XML形式データ	3i0v_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3i0v_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/3i0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i11C 3i13C 3i14C 3i15C 1bc2 1bvt C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nzf-d 2nxa-d 3knr-4 3knr-2 2nlr-d 5w8w-d 5gm4-1 5gm5-6 1oa2-4 3i15-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase 2

25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.039, 61.627, 69.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.980, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase 2 / Beta-lactamase II / Penicillinase / Cephalosporinase 分子量: 25043.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: 569/H/9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, 0.1 M Sodium tartrate, 18% PEG 3350. Soak at pH 5 to remove Zn(II), Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月9日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: multilayer mirrors (Varimax-HF) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→17.359 Å / Num. obs: 27504 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.037 / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 12.627

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.69	2.2	0.364	2.1	8763	3930	0.364	91.3
1.69-1.79	2.2	0.228	3.3	8390	3740	0.228	92.4
1.79-1.91	2.2	0.135	5.5	8015	3568	0.135	93.7
1.91-2.07	2.2	0.085	8.6	7546	3359	0.085	94.5
2.07-2.26	2.3	0.051	12.9	7079	3140	0.051	95.5
2.26-2.53	2.3	0.037	18.2	6421	2847	0.037	96.2
2.53-2.92	2.3	0.035	17.6	5774	2551	0.035	97
2.92-3.58	2.3	0.023	22.3	4805	2135	0.023	97
3.58-5.06	2.2	0.021	24.1	3307	1522	0.021	88
5.06-17.89	2.2	0.023	23.4	1573	712	0.023	74

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→17.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.204 / WR_factor R_work: 0.16 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.878 / SU B: 3.92 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / SU R_free: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	1368	5 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.163	27502	92.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.94 Å² / B_iso mean: 24.258 Å² / B_iso min: 8.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	0 Å²	-0.94 Å²
2-	-	1.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→17.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1627	0	0	225	1852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.852	1.959	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.088	3	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.737	5	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.177	25.571	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.005	15	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.457	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.123	1.5	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.394	1.5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.836	2	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.013	3	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.805	4.5	590

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	108	-
R_work	0.251	1865	-
all	-	1973	-
obs	-	-	90.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.5742 Å / Origin y: -0.1567 Å / Origin z: 18.3348 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.018 Å²	-0.0031 Å²	0.0107 Å²	-	0.0233 Å²	-0.0049 Å²	-	-	0.0529 Å²
L	0.9391 °²	-0.1961 °²	0.8524 °²	-	0.7265 °²	-0.0581 °²	-	-	3.1457 °²
S	-0.0464 Å °	0.1047 Å °	-0.0057 Å °	-0.0184 Å °	-0.0378 Å °	-0.0098 Å °	-0.0522 Å °	0.2305 Å °	0.0842 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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