[日本語] English
万見
- PDB-3hyk: 2.31 Angstrom resolution crystal structure of a holo-(acyl-carrie... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyk
タイトル2.31 Angstrom resolution crystal structure of a holo-(acyl-carrier-protein) synthase from Bacillus anthracis str. Ames in complex with CoA (3',5'-ADP)
要素Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
キーワードTRANSFERASE / Holo-(Acyl-Carrier-Protein) Synthase / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Magnesium / Metal-binding / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural characterization and comparison of three acyl-carrier-protein synthases from pathogenic bacteria.
著者: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / ...著者: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年9月26日Group: Database references
改定 1.32012年12月5日Group: Database references
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,59424
ポリマ－40,5993
非ポリマー2,99521
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10150 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.526, 77.526, 122.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase acpS


分子量: 13533.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Bacillus anthracis str. Ames / 遺伝子: acpS, BA_0250, GBAA_0250, BAS0236 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)
参照: UniProt: Q81JG3, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein was mixed at 1:1 v/v ratio with PEG3350 25%, 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes pH 7.5, 10mM CoA. 5% Glycerol, 5% sucrose, 55 Eth. Gl. in magic sol., paratone were used as cryo protectants. , ...詳細: protein was mixed at 1:1 v/v ratio with PEG3350 25%, 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes pH 7.5, 10mM CoA. 5% Glycerol, 5% sucrose, 55 Eth. Gl. in magic sol., paratone were used as cryo protectants. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月4日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: single diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→34.99 Å / Num. all: 19381 / Num. obs: 19381 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 20.54
反射 シェル解像度: 2.31→2.35 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 969 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F09

3f09
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.31→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.325 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24654 986 5.1 %RANDOM
Rwork0.18962 ---
obs0.19263 18306 99.51 %-
all-18306 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.56 Å2-1.28 Å20 Å2
2---2.56 Å20 Å2
3---3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→34.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2693 0 177 260 3130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7442.0344106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78434973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7045371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.03924.132121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.11815563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9141522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8751.51799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2391.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60322917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08531224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7264.51189
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.307→2.367 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 64 -
Rwork0.186 1299 -
obs--97.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.67530.0742-0.49623.76310.42060.5621-0.0213-0.4456-0.02430.3060.0974-0.3196-0.02440.0921-0.0760.06980.0193-0.01770.08390.01230.048467.53857.67655.5215
22.5032-0.1958-0.38661.53130.5961.45460.0745-0.17680.29170.04970.0584-0.4508-0.19790.186-0.13290.0553-0.0048-0.01610.0685-0.0190.159972.972312.51632.5325
32.9152-0.2278-0.91613.99151.00612.16810.0820.23540.1272-0.2959-0.1219-0.1454-0.12670.04530.03990.02420.01270.01150.04670.02540.01864.32714.8564-4.7041
44.3319-0.8492-1.97354.4426-1.0372.5059-0.0031-0.19070.27890.57660.05690.1185-0.163-0.1027-0.05370.1221-0.0427-0.00080.1271-0.04930.091647.600518.46566.6881
51.91650.536-0.15122.9772-0.18011.0034-0.0213-0.00950.06270.01570.03970.382-0.0569-0.1818-0.01850.00970.02050.00140.05080.00340.049142.835815.19480.005
68.0297-4.1312-6.23882.25653.10324.94440.16450.23330.33-0.1742-0.1006-0.3383-0.0624-0.1761-0.06380.157-0.01570.02710.01110.03180.370351.587512.3889-11.8572
72.84590.29951.52374.5328-1.28572.73080.1562-0.361-0.20710.2899-0.22640.05010.21670.03980.07020.06720.00710.02850.14140.02030.0750.4779-4.71876.8084
83.3043-0.07870.31561.8015-0.47130.89320.01220.0239-0.3686-0.01260.0047-0.09410.20630.0674-0.01690.05510.0189-0.00280.0143-0.00290.047254.7226-8.11470.0589
92.3892-0.5737-1.00942.1610.2298.202-0.14070.3125-0.0547-0.3497-0.00470.24970.1246-0.23170.14540.092-0.0274-0.03720.07160.01220.036952.47150.2266-16.6677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3A78 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 29
5X-RAY DIFFRACTION5B30 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6B111 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7C0 - 27
8X-RAY DIFFRACTION8C28 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9C113 - 118

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る