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- PDB-3hxg: Crystal structure of Schistsome eIF4E complexed with m7GpppA and 4E-BP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hxg
タイトルCrystal structure of Schistsome eIF4E complexed with m7GpppA and 4E-BP
要素
  • Eukaryotic Translation Initiation Factor 4E
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
キーワードTRANSLATION / protein-mRNA cap complex / Acetylation / Phosphoprotein / Protein synthesis inhibitor / Translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / mTORC1-mediated signalling / TOR signaling / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / positive regulation of mitotic cell cycle / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of translation ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / mTORC1-mediated signalling / TOR signaling / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / positive regulation of mitotic cell cycle / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of translation / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GTA / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, W. / Zhao, R. / Jones, D.N.M. / Davis, R.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into parasite EIF4E binding specificity for m7G and m2,2,7G mRNA cap.
著者: Liu, W. / Zhao, R. / McFarland, C. / Kieft, J. / Niedzwiecka, A. / Jankowska-Anyszka, M. / Stepinski, J. / Darzynkiewicz, E. / Jones, D.N. / Davis, R.E.
履歴
登録2009年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic Translation Initiation Factor 4E
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4583
ポリマ－24,6712
非ポリマー7871
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.560, 125.400, 37.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic Translation Initiation Factor 4E


分子量: 22237.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: eif4e / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90
#2: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / eIF4E-binding protein 1 / 4E-BP1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by ...eIF4E-binding protein 1 / 4E-BP1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by insulin 1 / PHAS-I


分子量: 2432.823 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 51-67 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物 ChemComp-GTA / P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / 7-METHYL-GPPPA / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-三りん酸Oγ-(5′-アデノシル)


分子量: 787.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM pH 6.5 Mops, 20% PEG4K, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.08 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.113

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v8w

2v8w


解像度: 2.1→32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 5.416 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2687 1296 9.9 %RANDOM
Rwork0.20971 ---
obs0.2155 11767 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.898 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1618 0 51 114 1783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9832344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9325198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.2192485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47915277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6251512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9451.51030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3721599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0913844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1154.5745
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 106 -
Rwork0.227 835 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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