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万見
- PDB-3hx9: Structure of heme-degrader, MhuD (Rv3592), from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hx9
タイトルStructure of heme-degrader, MhuD (Rv3592), from Mycobacterium tuberculosis with two hemes bound in its active site
要素Protein Rv3592
キーワードOXIDOREDUCTASE / di-heme / beta barrel / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (mycobilin-producing) / cell wall / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase (mycobilin-producing) / Heme oxygenase (mycobilin-producing)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chim, N. / Nguyen, T.Q. / Iniguez, A. / Goulding, C.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Unusual Diheme Conformation of the Heme-Degrading Protein from Mycobacterium tuberculosis
著者: Chim, N. / Iniguez, A. / Nguyen, T.Q. / Goulding, C.W.
履歴
登録2009年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rv3592
B: Protein Rv3592
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0378
ポリマ－26,5002
非ポリマー2,5376
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.971, 64.622, 71.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein Rv3592


分子量: 13249.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT3698, Rv3592, TB11.2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O06156, UniProt: P9WKH3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.0, 0.2 M NaCl, 20% PEG-3350, 10 mM triethylamine HCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97, 1.76
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing).
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.761
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 19968 / % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / Num. unique all: 1974 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→19.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.34 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23119 1018 5.1 %RANDOM
Rwork0.18623 ---
obs0.18856 18936 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20.01 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1496 0 174 123 1793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.012.0472366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6295195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.26523.80371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31315208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.771158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3821.5985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43521558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6493737
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5864.5808
LS精密化 シェル解像度: 1.749→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 69 -
Rwork0.196 1415 -
obs-18936 98.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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