[日本語] English
万見
- PDB-3omx: Crystal structure of Ssu72 with vanadate complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3omx
タイトルCrystal structure of Ssu72 with vanadate complex
要素CG14216
キーワードHYDROLASE / transition state / phosphatase / low molecular weight protein tyrosine phosphatase / dephosphorylation / RNA polymerase II / Pta1
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity ...RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Helix Hairpins / Response regulator / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3366 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, M. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Ssu72, an essential eukaryotic phosphatase specific for the C-terminal domain of RNA polymerase II, in complex with a transition state analogue.
著者: Zhang, Y. / Zhang, M. / Zhang, Y.
履歴
登録2010年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CG14216
B: CG14216
C: CG14216
D: CG14216
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3898
ポリマ－88,9304
非ポリマー4604
水3,081171
1
A: CG14216
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,2321
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CG14216
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,2321
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CG14216
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,2321
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CG14216
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3472
ポリマ－22,2321
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.616, 102.309, 65.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
CG14216 / LD40846p


分子量: 22232.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG14216, Dmel_CG14216 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VWE4
#2: 化合物
ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% isopropanol, 14-18% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3366→48.67 Å / Num. all: 45740 / Num. obs: 45695 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 36.5
反射 シェル解像度: 2.3366→2.39 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.761 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OMW

3omw


解像度: 2.3366→48.656 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 2295 5.04 %random
Rwork0.2046 ---
all0.208 45740 --
obs0.2078 45556 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.002 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6639 Å20 Å20 Å2
2--2.8604 Å2-0 Å2
3---4.8035 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3366→48.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6216 0 20 171 6407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0326332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.9148516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4242404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.201936
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3366-2.38740.34571290.27052370X-RAY DIFFRACTION46
2.3874-2.44290.33681370.25322700X-RAY DIFFRACTION52
2.4429-2.5040.3131370.24722666X-RAY DIFFRACTION52
2.504-2.57170.31651370.22682678X-RAY DIFFRACTION52
2.5717-2.64740.27491490.23042701X-RAY DIFFRACTION52
2.6474-2.73280.33211420.22622691X-RAY DIFFRACTION52
2.7328-2.83050.34691430.23722691X-RAY DIFFRACTION52
2.8305-2.94380.35121550.2382679X-RAY DIFFRACTION52
2.9438-3.07780.3071340.21892724X-RAY DIFFRACTION52
3.0778-3.240.29251540.21912699X-RAY DIFFRACTION52
3.24-3.44290.29311600.21242707X-RAY DIFFRACTION53
3.4429-3.70870.26781580.18642724X-RAY DIFFRACTION53
3.7087-4.08170.22491370.19012747X-RAY DIFFRACTION53
4.0817-4.6720.2361210.17042788X-RAY DIFFRACTION53
4.672-5.88460.25711520.18422781X-RAY DIFFRACTION54
5.8846-48.66660.21841500.18472915X-RAY DIFFRACTION56

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る