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万見
- PDB-3hve: Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hve
タイトルStructures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: GigaxoninBTB/3-box
要素(Gigaxonin) x 2
キーワードprotein binding / ligase / ubiquitin / Gigaxonin / Cytoplasm / Cytoskeleton / Disease mutation / Kelch repeat / Neurodegeneration / Phosphoprotein / Polymorphism / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cytoskeleton organization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoskeleton / protein ubiquitination / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gigaxonin / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #420 / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 ...Gigaxonin / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #420 / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhuang, M. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structures of SPOP-substrate complexes: insights into molecular architectures of BTB-Cul3 ubiquitin ligases.
著者: Zhuang, M. / Calabrese, M.F. / Liu, J. / Waddell, M.B. / Nourse, A. / Hammel, M. / Miller, D.J. / Walden, H. / Duda, D.M. / Seyedin, S.N. / Hoggard, T. / Harper, J.W. / White, K.P. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gigaxonin
B: Gigaxonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3472
ポリマ－57,3472
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.480, 55.600, 120.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gigaxonin / Kelch-like protein 16


分子量: 29419.652 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-254 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAN, GAN1, KLHL16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H2C0
#2: タンパク質 Gigaxonin / Kelch-like protein 16


分子量: 27927.311 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-254 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAN, GAN1, KLHL16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H2C0
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS MODELED RESIDUES B165-B210 AS UNK, SINCE THE ELECTRON DENSITY IS POOR IN THIS REGION ...THE AUTHORS MODELED RESIDUES B165-B210 AS UNK, SINCE THE ELECTRON DENSITY IS POOR IN THIS REGION AND THEY DO NOT KNOW WHICH AMINO ACIDS THESE CORRESPOND TO IN TERMS OF THE SEQUENCE. THE ACTUAL CRYSTALLIZED SEQUENCE IN THIS REGION IS SSTEEFLELSPQKLKEVISLEKLNVGNERYVFEAVIRWIAHDTEIR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器日付: 2007年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 15314 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 903 / Rsym value: 0.171

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.333 615 -random
Rwork0.3025 ---
all-15429 --
obs-13573 88 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3049 0 0 0 3049

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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