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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ht6 | ||||||
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タイトル | 2-methylphenol in complex with T4 lysozyme L99A/M102Q | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME / Antimicrobial | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boyce, S.E. / Mobley, D.L. / Rocklin, G.J. / Graves, A.P. / Dill, K.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site. 著者: Boyce, S.E. / Mobley, D.L. / Rocklin, G.J. / Graves, A.P. / Dill, K.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ht7C ![]() 3ht8C ![]() 3ht9C ![]() 3htbC ![]() 3htdC ![]() 3htfC ![]() 3htgC ![]() 3hu8C ![]() 3hu9C ![]() 3huaC ![]() 3hukC ![]() 3huqC ![]() 1lguS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18646.316 Da / 分子数: 1 / 変異: S38D,L99A, M102Q,N144D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Enterobacteria Phage T4 Sensu Lato / 遺伝子: E / プラスミド: M13 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-JZ0 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.2M sodium-potassium phosphate, 0.05M beta-mercaptoethanol, 0.05M 2-hydroxyethyldisulfide, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11589 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→50 Å / Num. all: 37764 / Num. obs: 37764 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.929 / Net I/σ(I): 33.152 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.46 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 0.0424 / Num. unique all: 1640 / Χ2: 0.676 / % possible all: 41 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: REFMAC 開始モデル: PDB entry 1LGU 解像度: 1.59→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.479 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 197.39 Å2 / Biso mean: 18.412 Å2 / Biso min: 10.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
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