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- PDB-3hqq: Crystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqq
タイトルCrystal structure of Leishmania mexicana pyruvate kinase (LmPYK) in complex with Fructose 2,6 bisphosphate
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / TIM BARREL / T-STATE ENZYME / Allosteric enzyme / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.07 Å
データ登録者Morgan, H.P. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The allosteric mechanism of pryuvate kinase from Leishmania mexicana: a rock and lock model
著者: Morgan, H.P. / McNae, I.W. / Nowicki, M.W. / Hannaert, V. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2009年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
I: Pyruvate kinase
J: Pyruvate kinase
K: Pyruvate kinase
L: Pyruvate kinase
M: Pyruvate kinase
N: Pyruvate kinase
O: Pyruvate kinase
P: Pyruvate kinase
Q: Pyruvate kinase
R: Pyruvate kinase
S: Pyruvate kinase
T: Pyruvate kinase
U: Pyruvate kinase
V: Pyruvate kinase
W: Pyruvate kinase
X: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,315,39348
ポリマ－1,307,23024
非ポリマー8,16324
水00
1
A: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
I: Pyruvate kinase
J: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,2328
ポリマ－217,8724
非ポリマー1,3604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15210 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area73940 Å2
手法PISA
2
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
O: Pyruvate kinase
P: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,2328
ポリマ－217,8724
非ポリマー1,3604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15190 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area74030 Å2
手法PISA
3
D: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,2328
ポリマ－217,8724
非ポリマー1,3604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15280 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area73910 Å2
手法PISA
4
K: Pyruvate kinase
L: Pyruvate kinase
M: Pyruvate kinase
N: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,2328
ポリマ－217,8724
非ポリマー1,3604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15410 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area73780 Å2
手法PISA
5
Q: Pyruvate kinase
R: Pyruvate kinase
S: Pyruvate kinase
T: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,2328
ポリマ－217,8724
非ポリマー1,3604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15340 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area73830 Å2
手法PISA
6
U: Pyruvate kinase
V: Pyruvate kinase
W: Pyruvate kinase
X: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,2328
ポリマ－217,8724
非ポリマー1,3604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15440 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area73760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.840, 254.690, 892.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ...
Pyruvate kinase / PK


分子量: 54467.934 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
株: NHOM/B2/84/BEL46 / 遺伝子: PYK / プラスミド: pET3A_lmPYK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q27686, pyruvate kinase
#2: 糖...
ChemComp-FDP / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-2,6-DIPHOSPHATE / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス2,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf2PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
配列の詳細THE SEQUENCE OF L. MEXICANA PYRUVATE KINASE HAS BEEN DETERMINED IN THE LABORATORY OF PROF. PAUL ...THE SEQUENCE OF L. MEXICANA PYRUVATE KINASE HAS BEEN DETERMINED IN THE LABORATORY OF PROF. PAUL MICHELS, PUBLISHED AND DEPOSITED IN GENBANK. HOWEVER, THE SEQUENCE AS APPEARED IN GENBANK CONTAINED ERRORS. THE CORRECTION HAS BEEN INFORMED TO GENBANK WITH THE ACCESSION CODE X74944 AND IT WILL BE FILTRATED TO UNIPROT AT A LATER TIME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 10-16% PEG8000, 20mM triethanolamine-HCl, 50mM MgCl2, 100mM KCl, 10-15% glycerol, pH7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→39.81 Å / Num. obs: 112851 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 5→5.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 7903 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PKL

1pkl


解像度: 5.07→39.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.732 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.709 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.683 / ESU R Free: 1.701 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35664 5652 5 %RANDOM
Rwork0.35274 ---
obs0.35294 107127 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.813 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.07→39.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数91176 0 480 0 91656
LS精密化 シェル解像度: 5.07→5.199 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 380 -
Rwork0.387 7375 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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