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- PDB-3hqf: Crystal structure of restriction endonuclease EcoRII N-terminal e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqf
タイトルCrystal structure of restriction endonuclease EcoRII N-terminal effector-binding domain in complex with cognate DNA
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*G)-3'
  • Restriction endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / restriction endonuclease / EcoRII / DNA-binding pseudobarrel fold / protein-DNA complex / DNA recognition / Endonuclease / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRII, N-terminal / Restriction endonuclease EcoRII, N-terminal / Restriction endonuclease, type II, EcoRII, C-terminal / EcoRII, C-terminal domain superfamily / EcoRII C terminal / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Golovenko, D. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Tamulaitiene, G. / Siksnys, V.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural mechanisms for the 5'-CCWGG sequence recognition by the N- and C-terminal domains of EcoRII.
著者: Golovenko, D. / Manakova, E. / Tamulaitiene, G. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold
著者: Zhou, X.E. / Wang, Y. / Reuter, M. / Mucke, M. / Kruger, D.H. / Meehan, E.J. / Chen, L.
履歴
登録2009年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease
B: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3843
ポリマ－25,3843
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.156, 43.156, 253.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease / Restriction endonuclease type IIe


分子量: 19909.236 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal effector-binding domain (UNP residues 2-170)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EcoRII / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: O69414, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*G)-3'


分子量: 2732.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*GP*C)-3'


分子量: 2741.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1M sodium acetate, 0.2M lithium acetate, 10% glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.808 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日
放射モノクロメーター: Si (111), horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.504→63.5 Å / Num. obs: 9055 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 6.856
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. measured all: 7469 / Num. unique all: 1199 / Rsym value: 0.079 / % possible all: 94.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.541 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.234 / Cor.coef. Io to Ic: 0.252
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å12 Å
Translation3.5 Å12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
AMoRE位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NA6

1na6


解像度: 2.51→17.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.273 / WRfactor Rwork: 0.213 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.859 / SU B: 16.833 / SU ML: 0.173 / SU R Cruickshank DPI: 0.794 / SU Rfree: 0.285 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.794 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 856 9.6 %RANDOM
Rwork0.187 8090 --
obs0.191 8946 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.12 Å2 / Biso mean: 14.983 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→17.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1334 363 0 153 1850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9162.2072480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7845172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42124.06264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57215214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.781158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7961.5855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58421374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7653917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6654.51106
LS精密化 シェル解像度: 2.505→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 51 -
Rwork0.261 525 -
all-576 -
obs--89.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82970.3366-0.19170.1862-0.27041.0514-0.0415-0.02310.0005-0.02830.0001-0.03950.00720.00580.04140.07670.0062-0.00070.0636-0.01790.096523.583419.71339.5871
21.72290.32981.19431.1573-0.45873.13870.2159-0.3047-0.04520.1052-0.12980.0471-0.027-0.2726-0.0860.0683-0.01610.02030.1175-0.03230.090710.962115.187753.1985
30.75810.324-0.35550.766-0.23250.182-0.0107-0.06670.05820.0580.0349-0.0915-0.0056-0.0075-0.02420.0661-0.0056-0.01460.1936-0.03340.096410.192617.768552.8155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 172
2X-RAY DIFFRACTION1A173 - 263
3X-RAY DIFFRACTION2B-4 - 4
4X-RAY DIFFRACTION2B5 - 164
5X-RAY DIFFRACTION3C-4 - 4
6X-RAY DIFFRACTION3C24 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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