ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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d*TREK | | データスケーリング | | PHASER | 1.3.3位相決定 | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | CrystalClear | | データ収集 | | d*TREK | | データ削減 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→36.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / WRfactor Rfree: 0.267 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.753 / SU B: 7.971 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.369 / SU Rfree: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.293 | 648 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.236 | - | - | - |
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obs | 0.238 | 13184 | 98.56 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 63.68 Å2 / Biso mean: 25.724 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.34 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.67 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.01 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1925 | 0 | 0 | 145 | 2070 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.009 | 0.022 | 1956 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.305 | 1.976 | 2648 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.568 | 5 | 246 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.084 | 23.614 | 83 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg18.209 | 15 | 349 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg17.683 | 15 | 16 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.083 | 0.2 | 310 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.003 | 0.02 | 1445 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.188 | 0.2 | 885 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.303 | 0.2 | 1338 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.14 | 0.2 | 124 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.192 | 0.2 | 36 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.167 | 0.2 | 9 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.49 | 1.5 | 1275 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it0.829 | 2 | 1986 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it1.385 | 3 | 776 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it2.276 | 4.5 | 662 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.277 | 59 | - |
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Rwork | 0.259 | 898 | - |
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all | - | 957 | - |
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obs | - | - | 96.86 % |
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