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- PDB-3ho5: Crystal structure of Hedgehog-interacting protein (HHIP) and Soni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ho5
タイトルCrystal structure of Hedgehog-interacting protein (HHIP) and Sonic hedgehog (SHH) complex
要素
  • Hedgehog-interacting protein
  • Sonic hedgehog protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor ectodomain / six-bladed-propeller domain / EGF domain / disulfide bond / calcium cation / zinc cation / Cell membrane / EGF-like domain / Glycoprotein / Membrane / Secreted / Autocatalytic cleavage / Developmental protein / Disease mutation / Holoprosencephaly / Hydrolase / Lipoprotein / Microphthalmia / Palmitate / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation ...regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / morphogen activity / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / trunk neural crest cell migration / Formation of lateral plate mesoderm / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of prostatic bud formation / formation of anatomical boundary / positive regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / ventral midline development / trachea morphogenesis / hedgehog family protein binding / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / telencephalon regionalization / bud outgrowth involved in lung branching / epithelial-mesenchymal cell signaling / Ligand-receptor interactions / lung epithelium development / laminin-1 binding / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / cell development / spinal cord motor neuron differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / establishment of epithelial cell polarity / skeletal muscle cell proliferation / prostate gland development / intermediate filament organization / limb bud formation / embryonic skeletal system development / stem cell development / skeletal muscle fiber differentiation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / mesenchymal cell apoptotic process / animal organ formation / Activation of SMO / patched binding / hindbrain development / embryonic digestive tract morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue development / somite development / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / neuron fate commitment / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / self proteolysis / dorsal/ventral neural tube patterning / lung lobe morphogenesis / smooth muscle tissue development / artery development / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / negative thymic T cell selection / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / regulation of stem cell proliferation / pattern specification process / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / branching involved in salivary gland morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / embryonic pattern specification / lung-associated mesenchyme development / intein-mediated protein splicing / glycosaminoglycan binding / thalamus development / dopaminergic neuron differentiation / Formation of axial mesoderm / metanephros development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / metanephric collecting duct development / positive thymic T cell selection / camera-type eye development
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein / Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / Bosanac, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The structure of SHH in complex with HHIP reveals a recognition role for the Shh pseudo active site in signaling.
著者: Bosanac, I. / Maun, H.R. / Scales, S.J. / Wen, X. / Lingel, A. / Bazan, J.F. / de Sauvage, F.J. / Hymowitz, S.G. / Lazarus, R.A.
履歴
登録2009年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hedgehog-interacting protein
B: Hedgehog-interacting protein
H: Sonic hedgehog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5087
ポリマ－127,2973
非ポリマー2114
水00
1
A: Hedgehog-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1532
ポリマ－54,0871
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hedgehog-interacting protein
H: Sonic hedgehog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3555
ポリマ－73,2102
非ポリマー1463
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area28520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.618, 101.618, 302.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hedgehog-interacting protein / HHIP / HIP


分子量: 54087.246 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 193-667 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HHIP, HIP, UNQ5825/PRO19644
プラスミド: pENTR/D-TOPO with honeybee melittin secretion signal
細胞株 (発現宿主): insect cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96QV1
#2: タンパク質 Sonic hedgehog protein / SHH / HHG-1 / Sonic hedgehog protein N-product / Sonic hedgehog protein C-product


分子量: 19122.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHH / プラスミド: pET101/D-TOPO (Invitrogen) / 細胞株 (発現宿主): Rosetta 2 (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15465
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
構成要素の詳細THE SECOND MOLECULE OF SONIC HEDGEHOG PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BUT APPEARED TO BE LARGELY ...THE SECOND MOLECULE OF SONIC HEDGEHOG PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BUT APPEARED TO BE LARGELY DISORDERED AND WAS NOT INCLUDED IN THE FINAL MODEL. THE SEQUENCE IS: GFGKRRHPKKLTPLAYKQFIPNVAEKTLGASGRYEGKISRNSERFKELTPNYNPDIIFKDEENTGADRLMTQRCKDKLNALAISVMNQWPGV KLRVTEGWDEDGHHSEESLHYEGRAVDITTSDRDRSKYGMLARLAVEAGFDWVYYESKAHIHCSVKAENSVAAKSGG
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.31 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M bis-Tris propane pH 7.0 and 2.2-2.5 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97839 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月6日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97839 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 37181 / Num. obs: 37106 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.589 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1VHH, 3HO4

1vhh

3ho4


解像度: 3.01→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 40.143 / SU ML: 0.336 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.342 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28738 1874 5.1 %RANDOM
Rwork0.23097 ---
all0.23381 35204 --
obs0.23381 35147 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.78 Å22.39 Å20 Å2
2--4.78 Å20 Å2
3----7.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8251 0 4 0 8255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0218444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.9611395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52951044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34823.68394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.747151425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7281558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.23517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1612.55344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.63558350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9972.53463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.22353045
LS精密化 シェル解像度: 3.005→3.066 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 103 -
Rwork0.293 2039 -
obs-2142 99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2304-0.8665-1.0872.20350.09955.6920.00351.47070.1007-0.43750.0482-0.0093-0.05210.0539-0.0516-0.5773-0.2034-0.06470.0072-0.113-0.507213.541828.770148.7252
219.02733.4319-14.91860.619-2.690811.6971-0.57420.9847-0.5733-0.5663-0.8648-0.37550.75740.43121.4389-0.07380.08310.07020.9407-0.4029-0.009241.048517.689139.6322
319.5851-3.546811.096910.82792.661625.71910.5733-0.02851.8190.1869-0.5694-0.192-2.4019-0.8979-0.0039-0.39840.04790.1202-0.5158-0.0557-0.273463.257224.082430.9176
43.1991-0.5354-0.45511.91240.87786.3512-0.2454-0.6976-0.31020.58870.19540.04360.74980.26050.05-0.36030.06670.025-0.49690.1228-0.3937.052325.966298.6709
51.8966-0.211-0.16297.97026.37298.3801-0.3586-0.7337-0.11090.423-0.1590.4796-0.5194-0.96570.5176-0.44380.20620.17190.1957-0.1343-0.3473-15.596144.2787108.6657
624.2735-5.14631.16231.41330.633414.1006-0.9788-0.59841.04981.24491.3659-1.086-0.05032.3235-0.3871-0.7689-0.17070.0987-0.4586-0.0418-0.6479-19.924264.3175122.8157
77.43151.31440.4246.0294-0.54075.6755-0.0538-1.17170.19660.80860.0638-0.3688-0.13830.3085-0.010.72950.2086-0.2031.26380.013-0.112317.4734.087136.9189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A214 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2A604 - 637
3X-RAY DIFFRACTION3A638 - 669
4X-RAY DIFFRACTION4B214 - 603
5X-RAY DIFFRACTION5B604 - 637
6X-RAY DIFFRACTION6B638 - 669
7X-RAY DIFFRACTION7H38 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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