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- PDB-3hkm: Crystal Structure of rice(Oryza sativa) Rrp46 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hkm
タイトルCrystal Structure of rice(Oryza sativa) Rrp46
要素Os03g0854200 protein
キーワードHYDROLASE / RNase PH domain / PHOSPHORYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / exonuclease activity / RNA nuclease activity / rRNA processing ...DNA nuclease activity / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / exonuclease activity / RNA nuclease activity / rRNA processing / double-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / single-stranded RNA binding / nucleolus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex exonuclease RRP46 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9845 Å
データ登録者Yang, C.-C. / Wang, Y.-T. / Hsiao, Y.-Y. / Doudeva, L.G. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of CRN-5 and Rrp46: an exosome component participating in apoptotic DNA degradation
著者: Yang, C.-C. / Wang, Y.-T. / Hsiao, Y.-Y. / Doudeva, L.G. / Kuo, P.-H. / Chow, S.Y. / Yuan, H.S.
履歴
登録2009年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Os03g0854200 protein
B: Os03g0854200 protein
C: Os03g0854200 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0383
ポリマ－81,0383
非ポリマー00
水7,494416
1
A: Os03g0854200 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0131
ポリマ－27,0131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Os03g0854200 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0131
ポリマ－27,0131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Os03g0854200 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0131
ポリマ－27,0131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.607, 111.607, 57.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細DIMER DISSOCIATED INTO MONOMERS IN REMARK 350 THE CRYSTALLIZATION CONDITION

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要素

#1: タンパク質 Os03g0854200 protein / Rrp46 / cDNA clone:J023009H04 / full insert sequence / 3' exoribonuclease family / domain 1 ...Rrp46 / cDNA clone:J023009H04 / full insert sequence / 3' exoribonuclease family / domain 1 containing protein / expressed / Putative exosome component


分子量: 27012.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 株: Japonica Group / 遺伝子: putative exonuclease RRP46 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIPL)
参照: UniProt: Q84T68, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
解説: The original data was scaled to 2.0 Angstrom by HKL2000. Then refinement was performed with all scaled data automatically by phenix.refine. The highest resolution of 1.98A was made by phenix.refine.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月15日
放射モノクロメーター: Si 111 chnnel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.501
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 55506 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.34 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.65 / Num. measured all: 185470
反射 シェル解像度: 1.98→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 5536 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NN6 chain D

2nn6


解像度: 1.9845→26.807 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.835 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 2776 5.07 %random
Rwork0.1694 52028 --
obs0.1727 54782 98.55 %-
all-55487 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.857 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 45.5 Å2 / Biso mean: 26.089 Å2 / Biso min: 13.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.148 Å20 Å2-0 Å2
2--0.148 Å2-0 Å2
3----0.297 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9845→26.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4686 0 0 416 5102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.096443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4151763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9845-2.01870.27651270.23012413X-RAY DIFFRACTION98
2.0187-2.05540.3321320.23492525X-RAY DIFFRACTION98
2.0554-2.09490.25881390.22532590X-RAY DIFFRACTION98
2.0949-2.13760.2691460.21192562X-RAY DIFFRACTION98
2.1376-2.18410.2311320.20852520X-RAY DIFFRACTION98
2.1841-2.23490.24281380.20692646X-RAY DIFFRACTION98
2.2349-2.29070.24361350.20672593X-RAY DIFFRACTION98
2.2907-2.35260.29791400.20242589X-RAY DIFFRACTION98
2.3526-2.42180.25261430.20352659X-RAY DIFFRACTION98
2.4218-2.49990.26651420.19382605X-RAY DIFFRACTION98
2.4999-2.58920.24661420.19552627X-RAY DIFFRACTION98
2.5892-2.69280.31661370.18932605X-RAY DIFFRACTION98
2.6928-2.81520.2091400.18522634X-RAY DIFFRACTION98
2.8152-2.96340.24081480.18222612X-RAY DIFFRACTION98
2.9634-3.14890.23141380.17292666X-RAY DIFFRACTION98
3.1489-3.39150.20321380.14912654X-RAY DIFFRACTION98
3.3915-3.7320.18981310.13792623X-RAY DIFFRACTION98
3.732-4.27020.20631250.12272641X-RAY DIFFRACTION98
4.2702-5.37290.22921440.12612643X-RAY DIFFRACTION98
5.3729-26.80960.21251370.16442621X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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