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- PDB-3hid: Crystal structure of adenylosuccinate synthetase from Yersinia pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hid
タイトルCrystal structure of adenylosuccinate synthetase from Yersinia pestis CO92
要素Adenylosuccinate synthetase
キーワードLIGASE / NIAID Structural Genomics / adenylosuccinate synthetase / Virulence Associated Factor / purA / purine ribonucleotide biosynthesis / Cytoplasm / GTP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Purine biosynthesis / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 ...Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1 / Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 / Adenylosuccinate synthetase, domain 3 / Adenylosuccinate synthetase GTP-binding site. / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG6 / Adenylosuccinate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, R. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the adenylosuccinate synthetase from Yersinia pestis CO92
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6002
ポリマ－47,3341
非ポリマー2661
水11,728651
1
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2004
ポリマ－94,6682
非ポリマー5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5270 Å2
ΔGint-20.1 kcal/mol
Surface area31320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.903, 68.903, 199.166
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Adenylosuccinate synthetase / IMP--aspartate ligase / AdSS / AMPSase


分子量: 47333.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / Biovar Orientalis / 遺伝子: gi:16120713, purA, y0635, YPO0378, YP_0534 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8ZIV7, adenylosuccinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 30% w/v PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→56.7 Å / Num. all: 60980 / Num. obs: 60809 / % possible obs: 99.72 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 35.46
反射 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4655 / % possible all: 98.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→56.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.82 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.083
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19756 3235 5.1 %RANDOM
Rwork0.16022 ---
obs0.16213 60809 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→56.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3278 0 9 651 3938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.9794536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97535526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4895422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8823.878147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.04115574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4361526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4241.52093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6141.5873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22723372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39731255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7454.51164
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.73835614
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.83704
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.41535558
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 214 -
Rwork0.201 4359 -
obs-4573 98.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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