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- PDB-3hhi: Crystal Structure of Cathepsin B from T. brucei in complex with CA074 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hhi
タイトルCrystal Structure of Cathepsin B from T. brucei in complex with CA074
要素Cathepsin B-like cysteine protease
キーワードHYDROLASE / cysteine protease / occluding loop / Protease / Thiol protease
機能・相同性
機能・相同性情報


post-transcriptional regulation of gene expression / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A ...: / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[PROPYLAMINO-3-HYDROXY-BUTAN-1,4-DIONYL]-ISOLEUCYL-PROLINE / Chem-074 / : / Cathepsin B-like cysteine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wu, P. / Kerr, I.D. / Brinen, L.S.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of TbCatB and rhodesain, potential chemotherapeutic targets and major cysteine proteases of Trypanosoma brucei
著者: Kerr, I.D. / Wu, P. / Marion-Tsukamaki, R. / Mackey, Z.B. / Brinen, L.S.
履歴
登録2009年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年2月27日Group: Other
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B-like cysteine protease
B: Cathepsin B-like cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,31913
ポリマ－71,8422
非ポリマー1,47711
水10,305572
1
A: Cathepsin B-like cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6376
ポリマ－35,9211
非ポリマー7165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cathepsin B-like cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6827
ポリマ－35,9211
非ポリマー7616
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.881, 75.134, 75.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cathepsin B-like cysteine protease / Cysteine peptidase C (CPC)


分子量: 35920.867 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23 to 340 / 変異: N216D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: Trypanosoma brucei brucei / 遺伝子: Tb927.6.560, tbCatB / プラスミド: pPICZalpha-A / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33
参照: UniProt: Q6R7Z5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

-
非ポリマー , 6種, 583分子

#2: 化合物 ChemComp-074 / [PROPYLAMINO-3-HYDROXY-BUTAN-1,4-DIONYL]-ISOLEUCYL-PROLINE / CA-074 / [N-(L-3-TRANS-PROPYLCARBAMOYL-OXIRANE-2-CARBONYL)-L-ISOLEUCYL-L-PROLINE]


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 385.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H31N3O6
参照: [PROPYLAMINO-3-HYDROXY-BUTAN-1,4-DIONYL]-ISOLEUCYL-PROLINE
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.447746 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 1M LiCl, 10% PEG 3350, 0.2M Tris-HCl pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月15日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal (Si111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.85 Å / Num. obs: 74519 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0071精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1THE

1the


解像度: 1.6→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.724 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17809 3718 5 %RANDOM
Rwork0.14659 ---
obs0.14817 70340 96.07 %-
all-70340 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20.12 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---0.34 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.073 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3990 0 100 572 4662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0214265
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.945821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1153.016880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3425525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41323.547203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2315564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6231523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0551.52595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3641.51054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70624160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42831670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4854.51657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 275 -
Rwork0.246 5018 -
obs--92.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69990.18780.05870.4388-0.05020.64930.0379-0.08850.02350.0875-0.01670.0111-0.0443-0.0207-0.02120.0207-0.00230.0010.0116-0.00310.00618.3523-0.439432.9436
20.66840.0625-0.070.34060.01090.6510.00190.03650.061-0.0599-0.00710.008-0.0839-0.01850.00520.02120.0037-0.00380.00270.00350.023839.98123.44733.0062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A78 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2B78 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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