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万見
- PDB-3mor: Crystal structure of Cathepsin B from Trypanosoma Brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mor
タイトルCrystal structure of Cathepsin B from Trypanosoma Brucei
要素Cathepsin B-like cysteine protease
キーワードHYDROLASE / Thiol Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


post-transcriptional regulation of gene expression / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A ...Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathepsin B-like cysteine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Cupelli, K. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2012
タイトル: In vivo protein crystallization opens new routes in structural biology.
著者: Koopmann, R. / Cupelli, K. / Redecke, L. / Nass, K. / Deponte, D.P. / White, T.A. / Stellato, F. / Rehders, D. / Liang, M. / Andreasson, J. / Aquila, A. / Bajt, S. / Barthelmess, M. / Barty, ...著者: Koopmann, R. / Cupelli, K. / Redecke, L. / Nass, K. / Deponte, D.P. / White, T.A. / Stellato, F. / Rehders, D. / Liang, M. / Andreasson, J. / Aquila, A. / Bajt, S. / Barthelmess, M. / Barty, A. / Bogan, M.J. / Bostedt, C. / Boutet, S. / Bozek, J.D. / Caleman, C. / Coppola, N. / Davidsson, J. / Doak, R.B. / Ekeberg, T. / Epp, S.W. / Erk, B. / Fleckenstein, H. / Foucar, L. / Graafsma, H. / Gumprecht, L. / Hajdu, J. / Hampton, C.Y. / Hartmann, A. / Hartmann, R. / Hauser, G. / Hirsemann, H. / Holl, P. / Hunter, M.S. / Kassemeyer, S. / Kirian, R.A. / Lomb, L. / Maia, F.R. / Kimmel, N. / Martin, A.V. / Messerschmidt, M. / Reich, C. / Rolles, D. / Rudek, B. / Rudenko, A. / Schlichting, I. / Schulz, J. / Seibert, M.M. / Shoeman, R.L. / Sierra, R.G. / Soltau, H. / Stern, S. / Struder, L. / Timneanu, N. / Ullrich, J. / Wang, X. / Weidenspointner, G. / Weierstall, U. / Williams, G.J. / Wunderer, C.B. / Fromme, P. / Spence, J.C. / Stehle, T. / Chapman, H.N. / Betzel, C. / Duszenko, M.
履歴
登録2010年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B-like cysteine protease
B: Cathepsin B-like cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,24613
ポリマ－69,7642
非ポリマー1,48311
水97354
1
A: Cathepsin B-like cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6056
ポリマ－34,8821
非ポリマー7245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cathepsin B-like cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6417
ポリマ－34,8821
非ポリマー7596
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.910, 75.490, 75.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUPROPROAA80 - 9557 - 72
21LEULEUPROPROBB80 - 9557 - 72
12ALAALAASPASPAA103 - 11580 - 92
22ALAALAASPASPBB103 - 11580 - 92
13CYSCYSTRPTRPAA119 - 12396 - 100
23CYSCYSTRPTRPBB119 - 12396 - 100
14ALAALAASPASPAA127 - 133104 - 110
24ALAALAASPASPBB127 - 133104 - 110
15VALVALSERSERAA144 - 193121 - 170
25VALVALSERSERBB144 - 193121 - 170
16PROPROCYSCYSAA203 - 215180 - 192
26PROPROCYSCYSBB203 - 215180 - 192
17CYSCYSPROPROAA219 - 334196 - 311
27CYSCYSPROPROBB219 - 334196 - 311

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Cathepsin B-like cysteine protease / Cysteine peptidase C (CPC)


分子量: 34881.789 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 24-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb927.6.560
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q6R7Z5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 63分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350,(NH4)2HPO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48 Å / Num. obs: 34696 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.292 / Net I/σ(I): 6.99
反射 シェル解像度: 2.55→2.67 Å / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QDQ

1qdq


解像度: 2.55→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.583 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.012 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24299 959 5.1 %RANDOM
Rwork0.20235 ---
obs0.20445 17772 97.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.998 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.61 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3991 0 95 54 4140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.61.9455803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.368316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9795522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.56923.6200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53115551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1871522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8241.52596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56224153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44231653
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8684.51650
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1696 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.195
LOOSE THERMAL1.4410
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 58 -
Rwork0.27 1347 -
obs--98.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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