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万見
- PDB-3hgx: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Isochorismate-Pyruvat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgx
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Isochorismate-Pyruvate Lyase K42A mutant in complex with salicylate and pyruvate
要素Salicylate biosynthesis protein pchB
キーワードLYASE / siderophore biosynthesis / pyochelin / isochorismate-pyruvate lyase / chorismate mutase / PchB
機能・相同性
機能・相同性情報


pyochelin biosynthetic process / isochorismate lyase / carbon-oxygen lyase activity / isochorismate pyruvate lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能
Salicylate biosynthesis protein PchB / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II ...Salicylate biosynthesis protein PchB / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / Isochorismate pyruvate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Luo, Q. / Lamb, A.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure-function analyses of isochorismate-pyruvate lyase from Pseudomonas aeruginosa suggest differing catalytic mechanisms for the two pericyclic reactions of this bifunctional enzyme.
著者: Luo, Q. / Olucha, J. / Lamb, A.L.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年10月13日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate biosynthesis protein pchB
B: Salicylate biosynthesis protein pchB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2306
ポリマ－22,7782
非ポリマー4524
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.015, 53.150, 82.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Salicylate biosynthesis protein pchB


分子量: 11388.963 Da / 分子数: 2 / 変異: K42A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: pchB, PA4230 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q51507, Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases
#2: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 2M ammonium phosphate, 13% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 113.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 7706 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 0.897 / Net I/σ(I): 15.234
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.596.70.2777490.95399.9
2.59-2.696.70.2287461.001100
2.69-2.826.60.1977561.002100
2.82-2.966.80.1757590.964100
2.96-3.156.70.1477550.988100
3.15-3.396.80.1057620.895100
3.39-3.736.50.0927690.905100
3.73-4.276.60.0697680.839100
4.27-5.396.50.0637950.763100
5.39-1005.90.0498470.65898.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H9D

2h9d


解像度: 2.5→41.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 9.959 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.733 / ESU R Free: 0.329
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 350 4.5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 7346 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.92 Å2 / Biso mean: 15.597 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1578 0 32 16 1626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9642203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6135196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46122.82178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73215263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8461518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21101
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.51.51027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81321575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.23711
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8794.5628
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 23 -
Rwork0.228 513 -
all-536 -
obs--97.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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