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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3heu | |||||||||
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タイトル | Cyclic residues in alpha/beta-peptide helix bundles: GCN4-pLI side chain sequence on an (alpha-alpha-beta) backbone with a cyclic beta-residue at position 13 | |||||||||
要素 | alpha/beta-peptide based on the GCN4-pLI side chain sequence with an (alpha-alpha-beta) backbone and a cyclic beta-residue at position 13 | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / helix bundle / foldamer / alpha/beta-peptide | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Horne, W.S. / Price, J.L. / Gellman, S.H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010 タイトル: Structural consequences of beta-amino acid preorganization in a self-assembling alpha/beta-peptide: fundamental studies of foldameric helix bundles. 著者: Price, J.L. / Horne, W.S. / Gellman, S.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3heu.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3heu.ent.gz | 22.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3heu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3heu_validation.pdf.gz | 954.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3heu_full_validation.pdf.gz | 957.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3heu_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3heu_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3heu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/3heu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4208.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月28日 / 詳細: confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→23.53 Å / Num. obs: 2446 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.4 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3C3G 解像度: 2→23.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.637 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.904 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→23.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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