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万見
- PDB-3hdd: ENGRAILED HOMEODOMAIN DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hdd
タイトルENGRAILED HOMEODOMAIN DNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*A)-3'
  • ENGRAILED HOMEODOMAIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA BINDING / COMPLEX (DNA BINDING PROTEIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / axon guidance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Segmentation polarity homeobox protein engrailed
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fraenkel, E. / Rould, M.A. / Chambers, K.A. / Pabo, C.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Engrailed homeodomain-DNA complex at 2.2 A resolution: a detailed view of the interface and comparison with other engrailed structures.
著者: Fraenkel, E. / Rould, M.A. / Chambers, K.A. / Pabo, C.O.
履歴
登録1998年7月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*A)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3'
A: ENGRAILED HOMEODOMAIN
B: ENGRAILED HOMEODOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5304
ポリマ－27,5304
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.620, 45.520, 72.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*A)-3'


分子量: 6387.157 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 合成
詳細: HOMEODOMAIN SEQUENCE FROM DROSOPHILA MELANOGASTER (FRUIT FLY)
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*A)-3'


分子量: 6494.248 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 合成
詳細: HOMEODOMAIN SEQUENCE FROM DROSOPHILA MELANOGASTER (FRUIT FLY)
#3: タンパク質 ENGRAILED HOMEODOMAIN


分子量: 7324.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02836
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: COMPLEX WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION OVER 0.26M AMOAC AND 1% PEG400., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1AMOAC11
2PEG 40011
3PEG 40012
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMprotein1drop
21 Mammonium acetate1drop
31 %(v/v)PEG4001reservoir
40.25 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI MIRROR AND NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 18176 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 70
反射
*PLUS
Num. measured all: 47760
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 70 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1HDD

1hdd


解像度: 2.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1760 10 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 17663 93.7 %-
all-17663 --
原子変位パラメータBiso mean: 56.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-0.66 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 855 0 53 1864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.111.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.522
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.892
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.472.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 198 9 %
Rwork0.35 2002 -
obs--75.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARNDBX.DNATOPNDBX.DNA
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.21
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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