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- PDB-3hci: Structure of MsrB from Xanthomonas campestris (complex-like form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hci
タイトルStructure of MsrB from Xanthomonas campestris (complex-like form)
要素Peptide methionine sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methionine sulfoxide reductase B / Xanthomonas campestris / complex with substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / protein repair / response to oxidative stress / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RSM / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Ranaivoson, F.M. / Kauffmann, B. / Favier, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Methionine sulfoxide reductase B displays a high level of flexibility.
著者: Ranaivoson, F.M. / Neiers, F. / Kauffmann, B. / Boschi-Muller, S. / Branlant, G. / Favier, F.
履歴
登録2009年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase
B: Peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0436
ポリマ－33,6522
非ポリマー3914
水1,72996
1
A: Peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1113
ポリマ－16,8261
非ポリマー2862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptide methionine sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9313
ポリマ－16,8261
非ポリマー1052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.436, 74.203, 122.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase / MsrB


分子量: 16825.787 Da / 分子数: 2 / 変異: C125S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
遺伝子: msrb, xcc-b100_3837 / プラスミド: pSKMsrBXc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BE002
参照: UniProt: B0RWG5, UniProt: Q8P4Q6*PLUS, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-RSM / (2S)-2-(acetylamino)-N-methyl-4-[(R)-methylsulfinyl]butanamide


分子量: 220.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O3S
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: 18 % PEG 8000, 0.1M Na HEPES pH 7.5, 0.2M, 0.05M TRIS HCl pH 8 , microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日
放射モノクロメーター: Fixed exit double crystal Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 11793 / Num. obs: 11522 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.03 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: 3HCG

3hcg


解像度: 2.59→24.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 10.492 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.794 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24737 543 4.7 %RANDOM
Rwork0.19588 ---
all0.215 11822 --
obs0.19837 10912 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→24.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2350 0 17 96 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1371.9733320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6285304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50923.276116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.06615344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4681520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0460.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2981.51579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55622489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7283942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.284.5831
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.591→2.657 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 28 -
Rwork0.31 686 -
obs--83.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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