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- PDB-3hb7: The Crystal Structure of an Isochorismatase-like Hydrolase from A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hb7
タイトルThe Crystal Structure of an Isochorismatase-like Hydrolase from Alkaliphilus metalliredigens to 2.3A
要素Isochorismatase hydrolase
キーワードHYDROLASE / Isochorismatase / alkaliphilus / metalliredigens / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Isochorismatase hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Alkaliphilus metalliredigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stein, A.J. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of an Isochorismatase-like Hydrolase from Alkaliphilus metalliredigens to 2.3A
著者: Stein, A.J. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismatase hydrolase
C: Isochorismatase hydrolase
B: Isochorismatase hydrolase
D: Isochorismatase hydrolase
E: Isochorismatase hydrolase
F: Isochorismatase hydrolase
G: Isochorismatase hydrolase
H: Isochorismatase hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,90819
ポリマ－186,6848
非ポリマー22311
水6,071337
1
A: Isochorismatase hydrolase
C: Isochorismatase hydrolase
B: Isochorismatase hydrolase
E: Isochorismatase hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,48311
ポリマ－93,3424
非ポリマー1417
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
2
C: Isochorismatase hydrolase
B: Isochorismatase hydrolase
D: Isochorismatase hydrolase
E: Isochorismatase hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,46010
ポリマ－93,3424
非ポリマー1186
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
3
B: Isochorismatase hydrolase
E: Isochorismatase hydrolase
F: Isochorismatase hydrolase
H: Isochorismatase hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,46510
ポリマ－93,3424
非ポリマー1236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
4
D: Isochorismatase hydrolase
G: Isochorismatase hydrolase
H: Isochorismatase hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0666
ポリマ－70,0073
非ポリマー593
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.651, 105.425, 106.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Isochorismatase hydrolase


分子量: 23335.545 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkaliphilus metalliredigens (バクテリア)
株: QYMF / 遺伝子: Amet_4583 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6TWT6
#2: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.6
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 80891 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0054精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.3→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 14.621 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 4054 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 80856 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20.59 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11320 0 11 337 11668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02111594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.93415787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9951441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82224.139534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.134151855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6371561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4891.57186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.923211567
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58534408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3834.54217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 298 -
Rwork0.248 5528 -
obs--98.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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