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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h7w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains with the artificial ligand THS017 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / PAS domain / heterodimer / protein ligand complex. / Activator / Angiogenesis / Congenital erythrocytosis / Developmental protein / Differentiation / Disease mutation / DNA-binding / Hydroxylation / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Ubl conjugation / Alternative splicing / Polymorphism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / visual perception / NPAS4 regulates expression of target genes / Pexophagy / regulation of heart rate / positive regulation of glycolytic process / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / mitochondrion organization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / transcription coactivator binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Key, J.M. / Scheuermann, T.H. / Anderson, P.C. / Daggett, V. / Gardner, K.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: Principles of ligand binding within a completely buried cavity in HIF2alpha PAS-B 著者: Key, J. / Scheuermann, T.H. / Anderson, P.C. / Daggett, V. / Gardner, K.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h7w.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h7w.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h7w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/3h7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/3h7w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | to generate the biologically relevant complex, the symmetry operator (1/2-x,y-1/2,1-z) should applied to chain B. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13538.300 Da / 分子数: 1 断片: HIF2alpha C-terminal PAS domain (UNP residues 239 to 350) 変異: R247E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: EPAS1, HIF2A, Hypoxia Inducible Factor 2 alpha, MOP2 プラスミド: phis-GB1-HIF2aPAS-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99814 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14243.098 Da / 分子数: 1 断片: ARNT C-terminal PAS domain (UNP residues 356 to 470) 変異: E362R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ARNT, Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator, BHLHE2 プラスミド: phis-GB1-ARNT-PAS-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27540 |
#3: 化合物 | ChemComp-018 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M BisTris, 17% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: custom / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 28092 / Num. obs: 28092 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 24.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1354 / % possible all: 95.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 3f1p 解像度: 1.65→22.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.094 / SU ML: 0.073 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.486 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2024 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→22.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Total num. of bins used: 20
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