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万見
- PDB-3h7u: Crystal structure of the plant stress-response enzyme AKR4C9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h7u
タイトルCrystal structure of the plant stress-response enzyme AKR4C9
要素Aldo-keto reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / stress response / aldo-keto reductase / NADP / drought tolerance
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / response to water deprivation / : / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / NADP+ binding / response to salt stress / response to cold / chloroplast / response to toxic substance / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH-dependent aldo-keto reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者White, S.A. / Simpson, P.J. / Ride, J.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Characterization of two novel aldo-keto reductases from Arabidopsis: expression patterns, broad substrate specificity, and an open active-site structure suggest a role in toxicant ...タイトル: Characterization of two novel aldo-keto reductases from Arabidopsis: expression patterns, broad substrate specificity, and an open active-site structure suggest a role in toxicant metabolism following stress.
著者: Simpson, P.J. / Tantitadapitak, C. / Reed, A.M. / Mather, O.C. / Bunce, C.M. / White, S.A. / Ride, J.P.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1553
ポリマ－37,3531
非ポリマー8022
水9,530529
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.355, 70.687, 65.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-637-

HOH

21A-923-

HOH

31A-1023-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase


分子量: 37352.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AKR4C9, At2g37770 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0PGJ6
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 400 mM Ammonium acetate, 100 mM Tri-sodium citrate dihydrate, 37.5% w/v PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→23.48 Å / Num. all: 95766 / Num. obs: 87990 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 16.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1S1P

1s1p


解像度: 1.25→23.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.087 / SU ML: 0.022 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15619 4430 5 %RANDOM
Rwork0.13121 ---
obs0.13245 83557 91.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.04 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→23.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2511 0 52 530 3093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9893602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88834412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7085329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.63424.528106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.13115457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.6781511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0241.51597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4541.5638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61822591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28131040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3474.51005
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.02534431
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.2983530
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.42334357
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 220 -
Rwork0.213 3706 -
obs--55.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.227 Å / Origin y: 0.164 Å / Origin z: 18.914 Å
111213212223313233
T-0.0207 Å2-0.0152 Å20.0085 Å2--0.0282 Å2-0.0017 Å2---0.0142 Å2
L0.4723 °2-0.0275 °20.185 °2-0.1538 °20.0566 °2--0.655 °2
S0.0119 Å °-0.0199 Å °0.0062 Å °-0.0282 Å °0.0131 Å °-0.059 Å °0.0275 Å °-0.0375 Å °-0.025 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1A125 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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