PDB-3h6x: Crystal structure of dUTPase from Streptococcus mutans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h6x

タイトル

Crystal structure of dUTPase from Streptococcus mutans

要素

dUTPase

キーワード

HYDROLASE / jelly-roll beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Li, G.L. / Wang, K.T. / Liu, X. / Li, L.F. / Su, X.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and activity analysis of dUTP nucleotidohydrolase from Streptococcus mutans
著者: Li, G.L. / Wang, K.T. / Liu, X. / Li, L.F. / Su, X.D.

履歴

登録	2009年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年5月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h6x.cif.gz	102.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h6x.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h6x_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h6x_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	3h6x_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	3h6x_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2okd-d 2xy3-1 2baz-d 2hqu-d 5h4j-1 3arn-d 5f9k-d 4lhr-1 2ol0-d 3qmn-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: dUTPase

B: dUTPase

C: dUTPase

49.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.780, 53.520, 93.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH
2	1	A-420- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and (resseq 4:132 )	A	4 - 132
2	1	1	chain B and (resseq 4:132 )	B	4 - 132
3	1	1	chain C and (resseq 4:132 )	C	4 - 132

#1: タンパク質	dUTPase 分子量: 16391.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 遺伝子: dut / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8DVY3, dUTP diphosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M MgCl2, 25% polyethylene glycol(PEG)3350, 0.1M Tris-HCl(pH 8.5), pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 43830 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 11.33 Å² / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 15.25
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8.97 / Num. unique all: 7142 / R_sym value: 0.123 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SOLVE	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.941 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.885 / SU B: 1.831 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2051	1994	4.62 %	RANDOM
R_work	0.1833	41170	-	-
obs	0.1843	43164	97.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.132 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.15 Å² / B_iso mean: 14.753 Å² / B_iso min: 1.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.128 Å²	0 Å²	-1.201 Å²
2-	-	-0.474 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.602 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3008	0	0	688	3696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3059
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.259	4144
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.086	1113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.112	473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	543

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1002	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
1	2	B	1002	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
1	3	C	995	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.23	121	0.1948	2577	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7425-1.7896	0.2147	155	0.1754	2928	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7896-1.8422	0.2236	142	0.1791	2911	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8422-1.9016	0.203	132	0.181	2939	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9016-1.9695	0.205	142	0.1825	2924	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9695-2.0483	0.234	148	0.1771	2975	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0483-2.1414	0.1962	143	0.1764	2979	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1414-2.2542	0.1936	142	0.1906	2976	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2542-2.3952	0.21	143	0.1927	2940	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3952-2.5798	0.204	147	0.1847	2990	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5798-2.8387	0.2363	136	0.1972	3007	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8387-3.248	0.1873	157	0.182	2991	X-RAY DIFFRACTION	99
3.248-4.0863	0.18	142	0.1634	3007	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0863-19.9424	0.1864	144	0.1693	3026	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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