PDB-3h6q: Macrocypin, a beta-trefoil cysteine protease inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h6q

タイトル

Macrocypin, a beta-trefoil cysteine protease inhibitor

要素

Macrocypin 1a

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Macrocypin / mycocypin / cysteine protease inhibitor / Kunitz type inhibitor / beta trefoil / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / Macrocypin-1a

機能・相同性情報

生物種

Macrolepiota procera (カラカサタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.643 Å

データ登録者

Renko, M. / Sabotic, J. / Brzin, J. / Turk, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Versatile loops in mycocypins inhibit three protease families.
著者: Renko, M. / Sabotic, J. / Mihelic, M. / Brzin, J. / Kos, J. / Turk, D.

履歴

登録	2009年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h6q.cif.gz	55.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h6q.ent.gz	40.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h6q_validation.pdf.gz	425 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h6q_full_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示
XML形式データ	3h6q_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	3h6q_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h6rC 3h6sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hnb-2 1hv5-6 3shd-9 4g9l-2 3shd-3 4bwq-4 3shd-10 4nfx-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Macrocypin 1a

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Macrocypin 1a

登録者が定義した集合体
38.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.11, 77.11, 60.92
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-273- HOH
2	1	A-274- HOH
3	1	A-277- HOH

詳細

1

#1: タンパク質	Macrocypin 1a 分子量: 19212.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Macrolepiota procera (カラカサタケ) プラスミド: PET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: B9V973
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: BisTrisPropane buffer, pH=7.0, 200 mM sodium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. all: 2612 / Num. obs: 25746 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 69.034
反射シェル	解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.142 / Num. unique all: 2206 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MAR345dtb	データ収集
AMoRE	位相決定
MAIN	精密化
REFMAC	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.643→27.714 Å

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1932	1282	-	random
R_work	0.162	-	-	-
obs	-	25722	100 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	22.755 Å²	-0.479 Å²	-0.239 Å²
2-	-	-0.479 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.718 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.643→27.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1424	0	0	321	1745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.259

LS精密化シェル

解像度: 1.643→1.686 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	75	-
R_work	0.257	-	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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