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万見
- PDB-3h6k: Crystal Structure of Human 11-beta-hydroxysteroid-dehydrogenase B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h6k
タイトルCrystal Structure of Human 11-beta-hydroxysteroid-dehydrogenase Bound to an Ortho-chlro-sulfonyl-piperazine Inhibitor
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / HSD1 / NADP / inhibitor / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Lipid metabolism / Membrane / Polymorphism / Signal-anchor / Steroid metabolism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-33T / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.187 Å
データ登録者Bard, J. / Svenson, K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Efficacious 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type I inhibitors in the diet-induced obesity mouse model.
著者: Wan, Z.K. / Chenail, E. / Xiang, J. / Li, H.Q. / Ipek, M. / Bard, J. / Svenson, K. / Mansour, T.S. / Xu, X. / Tian, X. / Suri, V. / Hahm, S. / Xing, Y. / Johnson, C.E. / Li, X. / Qadri, A. / ...著者: Wan, Z.K. / Chenail, E. / Xiang, J. / Li, H.Q. / Ipek, M. / Bard, J. / Svenson, K. / Mansour, T.S. / Xu, X. / Tian, X. / Suri, V. / Hahm, S. / Xing, Y. / Johnson, C.E. / Li, X. / Qadri, A. / Panza, D. / Perreault, M. / Tobin, J.F. / Saiah, E.
履歴
登録2009年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年10月13日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,24112
ポリマ－127,3484
非ポリマー4,8938
水2,684149
1
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1206
ポリマ－63,6742
非ポリマー2,4474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
2
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1206
ポリマ－63,6742
非ポリマー2,4474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.198, 152.007, 74.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1 / 11-DH


分子量: 31836.875 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residue 24-292, Lumenal / 変異: C272S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11, HSD11B1, HSD11L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-33T / 3-chloro-4-({(2R)-4-[4-fluoro-2-(trifluoromethyl)phenyl]-2-methylpiperazin-1-yl}sulfonyl)benzamide


分子量: 479.876 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18ClF4N3O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 16.4 % PEG 3350, 100 mM MES, pH 7.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.187→50 Å / Num. obs: 51709 / % possible obs: 80.9 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.4 / Net I/σ(I): 15.173
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.187-2.282.20.37353771.6684.3
2.28-2.372.30.60753161.12183.8
2.37-2.482.30.41552031.10781.2
2.48-2.612.40.3149871.09478.4
2.61-2.772.40.24248121.27575.3
2.77-2.992.40.14747001.27973.5
2.99-3.292.40.09146351.36572.8
3.29-3.762.30.06249791.877.7
3.76-4.742.30.04255411.72686.5
4.74-502.60.03261591.5295.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 2.187→31.471 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 34.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 2145 5.03 %
Rwork0.19 40479 -
obs0.194 42624 66.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.26 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 177.56 Å2 / Biso mean: 49.628 Å2 / Biso min: 5.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.081 Å2-0 Å2-2.932 Å2
2---2.984 Å2-0 Å2
3----3.097 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.187→31.471 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7841 0 316 149 8306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08811283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4493006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.187-2.2380.4471240.3372528265262
2.238-2.2940.4161630.3132813297670
2.294-2.3560.421010.2832388248958
2.356-2.4250.371360.2552430256660
2.425-2.5030.3911160.2312348246458
2.503-2.5930.3531330.2232382251559
2.593-2.6960.3381360.2242269240556
2.696-2.8190.3161190.2282323244257
2.819-2.9670.3471230.2372351247458
2.967-3.1530.371400.2222372251259
3.153-3.3970.3321190.1942524264362
3.397-3.7380.2311620.1632975313773
3.738-4.2780.2251750.1423216339179
4.278-5.3850.2011980.1293740393891
5.385-31.4750.1942000.163820402092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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