PDB-3h6c: Crystal structure of human alpha-defensin 1 (Mutant Gln22Ala)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h6c

タイトル

Crystal structure of human alpha-defensin 1 (Mutant Gln22Ala)

要素

Neutrophil defensin 1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide / Q22A mutant of human alpha defensin 1 Q22A mutant of human neutrophil peptide 1 / HNP1(Q22A) / Antibiotic / Antimicrobial / Antiviral defense / Defensin / Disulfide bond / Fungicide / Phosphoprotein / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Pazgier, M. / Lu, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Trp-26 imparts functional versatility to human alpha-defensin HNP1.
著者: Wei, G. / Pazgier, M. / de Leeuw, E. / Rajabi, M. / Li, J. / Zou, G. / Jung, G. / Yuan, W. / Lu, W.Y. / Lehrer, R.I. / Lu, W.

履歴

登録	2009年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月17日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h6c.cif.gz	21.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h6c.ent.gz	16.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h6c_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h6c_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	3h6c_validation.xml.gz	5.4 KB	表示
CIF形式データ	3h6c_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/3h6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lo1C 3lo2C 3lo4C 3lo6C 3lo9C 3loeC 3lvxC 3gny 3go0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eyc-d 5jdj-7 5jdj-1 6fms-4 5jdj-4 4bih-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (11) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil defensin 1

B: Neutrophil defensin 1

ヘテロ分子

7.11 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Neutrophil defensin 1

ヘテロ分子

B: Neutrophil defensin 1

ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 1

ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.521, 48.354, 24.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-32- CL

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 30 / Label seq-ID: 1 - 30

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質・ペプチド	Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2 分子量: 3395.060 Da / 分子数: 2 / 変異: Q22A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59665
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月30日 / 詳細: confocal
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→33.525 Å / Num. all: 7377 / Num. obs: 6719 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 318 / R_sym value: 0.213 / % possible all: 78.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.63→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.356 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES, RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	314	4.7 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.185	6717	91.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.07 Å² / B_iso mean: 18.783 Å² / B_iso min: 9.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	468	0	17	46	531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.783	1.959	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.958	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.415	17	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.619	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.717	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.031	1.5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.744	2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.329	3	205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.316	4.5	209

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 226 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
LOOSE POSITIONAL	0.27	5
LOOSE THERMAL	1.32	10

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.673 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	24	-
R_work	0.199	430	-
all	-	454	-
obs	-	-	86.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.143	-0.6155	-0.0427	7.4848	-0.7599	0.2999	0.1022	-0.1311	0.0639	0.0803	-0.1433	-0.321	-0.0593	0.0401	0.0412	0.092	0.004	0.0074	0.0827	0.0103	0.0176	4.7969	10.7702	16.5316
2	8.6523	-3.9008	2.9868	2.8808	-2.8301	3.3239	-0.3306	0.0866	0.8718	0.126	-0.0872	-0.4996	-0.1888	0.1211	0.4178	0.1065	-0.0091	-0.0363	0.0671	-0.006	0.1172	10.6	4.4927	7.2206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 30

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)