PDB-3h4m: AAA ATPase domain of the proteasome- activating nucleotidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h4m

タイトル

AAA ATPase domain of the proteasome- activating nucleotidase

要素

Proteasome-activating nucleotidase

キーワード

HYDROLASE / ATPase / proteasome / PAN / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome-activating nucleotidase complex / CTPase activity / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein unfolding / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GTPase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.106 Å

データ登録者

Jeffrey, P. / Zhang, F. / Hu, M. / Tian, G. / Zhang, P. / Finley, D. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structural Insights into the Regulatory Particle of the Proteasome from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Zhang, F. / Hu, M. / Tian, G. / Zhang, P. / Finley, D. / Jeffrey, P.D. / Shi, Y.

履歴

登録	2009年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h4m.cif.gz	161.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h4m.ent.gz	129.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h43C 3h4pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vk6-d 5ysz-d 4crz-d 2r65-2 6vji-2 2mkj-d 1tpk-d 7cbs-2 5eqt-d 1bec-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (7) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Proteasome-activating nucleotidase

B: Proteasome-activating nucleotidase

C: Proteasome-activating nucleotidase

ヘテロ分子

97.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Proteasome-activating nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Proteasome-activating nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Proteasome-activating nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.425, 116.425, 164.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	158 - 302
2	1	1	5	B	158 - 302
3	1	1	5	C	158 - 302
1	2	1	5	A	309 - 340
2	2	1	5	B	309 - 340
3	2	1	5	C	309 - 340
1	1	2	5	A	341 - 418
2	1	2	5	B	341 - 418
3	1	2	5	C	341 - 418
1	1	3	5	A	419
2	1	3	5	B	419
3	1	3	5	C	419

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Proteasome-activating nucleotidase / Proteasome regulatory subunit 分子量: 32035.301 Da / 分子数: 3 / 断片: PAN ATPase domain (155-430) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: pan, MJ1176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q58576
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

#1: タンパク質

Proteasome-activating nucleotidase / Proteasome regulatory subunit

分子量: 32035.301 Da / 分子数: 3 / 断片: PAN ATPase domain (155-430) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: pan, MJ1176 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q58576

#2: 化合物

ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP

分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M NaOAc, pH 4.6, and 0.65 M NH4H2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 22762 / Num. obs: 22762 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / R_sym value: 0.523 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.106→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 56.334 / SU ML: 0.469 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27746	1092	5 %	RANDOM
R_work	0.22064	-	-	-
all	0.22346	20697	-	-
obs	0.22346	20697	95.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	-0.49 Å²	0 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.106→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6081	0	81	0	6162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6243
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	2.021	8412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.299	5	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.502	24.598	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.693	15	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.129	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.544	1.5	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.047	2	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.515	3	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.657	4.5	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	708	medium positional	0.39	0.5
1	1	B	708	medium positional	0.37	0.5
1	1	C	708	medium positional	0.36	0.5
2	2	A	312	medium positional	0.24	0.5
2	2	B	312	medium positional	0.26	0.5
2	2	C	312	medium positional	0.32	0.5
1	1	A	661	loose positional	0.68	5
1	1	B	661	loose positional	0.67	5
1	1	C	661	loose positional	0.73	5
2	2	A	303	loose positional	0.56	5
2	2	B	303	loose positional	0.62	5
2	2	C	303	loose positional	0.66	5
3	3	A	27	loose positional	0.23	5
3	3	B	27	loose positional	0.19	5
3	3	C	27	loose positional	0.36	5
1	1	A	708	medium thermal	0.62	2
1	1	B	708	medium thermal	0.55	2
1	1	C	708	medium thermal	0.54	2
2	2	A	312	medium thermal	0.42	2
2	2	B	312	medium thermal	0.47	2
2	2	C	312	medium thermal	0.33	2
1	1	A	661	loose thermal	0.86	10
1	1	B	661	loose thermal	0.87	10
1	1	C	661	loose thermal	0.77	10
2	2	A	303	loose thermal	0.75	10
2	2	B	303	loose thermal	0.93	10
2	2	C	303	loose thermal	0.78	10
3	3	A	27	loose thermal	3.37	10
3	3	B	27	loose thermal	13.89	10
3	3	C	27	loose thermal	13.04	10

LS精密化シェル

解像度: 3.106→3.187 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	77	-
R_work	0.284	1349	-
obs	-	-	86.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6279	-3.7898	1.358	8.6482	0.4395	1.9484	-0.1362	-0.0602	-0.0109	0.3916	0.0852	-0.6422	-0.1641	0.0708	0.0509	-0.083	0.2544	-0.3508	-0.4668	0.0277	-0.2937	13.29	-49.751	-9.675
2	9.598	-4.9608	3.6068	9.4226	-2.7444	5.2202	-0.7023	-1.1253	-0.2576	0.5641	0.5555	1.1315	0.0286	-0.5551	0.1467	0.0275	0.3687	-0.2577	-0.4103	-0.1342	-0.2433	-13.408	-32.14	-11.072
3	8.5039	2.0023	1.6792	6.0978	0.8212	4.0986	0.3243	0.5185	-1.4263	-0.1461	-0.0621	-0.5443	0.5815	0.2774	-0.2621	-0.3459	-0.0494	-0.2203	-0.5687	-0.0132	-0.3177	43.266	-86.605	-4.302
4	7.0696	4.2741	4.3965	6.1449	4.2474	7.5756	-0.6631	1.06	-0.0195	-0.7022	0.4918	-0.5172	-0.6619	1.0636	0.1713	-0.3497	-0.2866	-0.1019	-0.4112	0.3217	-0.3673	62.644	-61.465	0.995
5	6.8961	-1.4946	1.4974	7.479	-3.2985	5.3309	-0.471	-1.1054	-0.5097	0.1525	0.6759	1.3244	-0.2175	-1.2327	-0.205	-0.083	0.331	0.0057	0.3851	0.2329	-0.1032	21.621	-66.586	20.54
6	1.6614	-0.1385	0.8131	8.1237	-2.1555	8.2314	-0.9365	-0.5049	1.1027	1.1657	0.0848	-0.339	-1.6598	-0.0513	0.8518	0.8674	0.3522	-0.7744	-0.0809	-0.2233	0.4056	27.242	-35.719	13.214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	158 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	341 - 418
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	158 - 340
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	341 - 418
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	158 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	341 - 418

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関連情報:EMDBヘッダ

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