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- PDB-5eqt: crystal structure of the ATPase domain of PAN from Pyrococcus hor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eqt
タイトルcrystal structure of the ATPase domain of PAN from Pyrococcus horikoshii
要素Proteasome-activating nucleotidase
キーワードHYDROLASE / AAA+ATPase / UNFOLDASE / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome-activating nucleotidase complex / protein unfolding / proteasomal protein catabolic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome-activating nucleotidase PAN / : / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Proteasome-activating nucleotidase PAN / : / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Proteasome-activating nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.943 Å
データ登録者Colombo, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre Nationale de la Recherche ScientifiqueANR-12-BSV8-0019-0 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of the ATPase domain of PAN from Pyrococcus horikoshii
著者: Colombo, M. / Ibrahim, Z. / Flament, D. / Hartlein, M. / Teixeira, S. / Girard, E. / Gabel, F. / Franzetti, B.
履歴
登録2015年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_remark / pdbx_data_processing_status ...database_PDB_remark / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _database_PDB_remark.text
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome-activating nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2444
ポリマ－28,6611
非ポリマー5823
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.344, 46.488, 56.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Proteasome-activating nucleotidase / PAN / Proteasomal ATPase / Proteasome regulatory ATPase / Proteasome regulatory particle


分子量: 28661.281 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 136-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: pan, PH0201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O57940
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: NaCH3COO 0.1 M pH 5.5, NH4PO4 0.6 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.943→47.946 Å / Num. all: 19463 / Num. obs: 19463 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 44.06 Å2 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.072 / Net I/av σ(I): 5.533 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 132669
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.94-2.056.41.2480.61709026870.5761.2481.193.1
2.05-2.177.10.6771.11887126580.2910.6772.397.5
2.17-2.326.90.4081.81736325120.1790.4083.397.8
2.32-2.516.70.2373.11555023350.1060.237597.7
2.51-2.757.10.1444.81554821760.0610.1447.898.6
2.75-3.076.80.0986.71361619950.0420.09811.499.1
3.07-3.556.90.0728.81207417570.030.07218.199.4
3.55-4.356.90.05710.81042815060.0240.05724.699.5
4.35-6.156.70.0512.6781411670.0210.0526.699.4
6.15-47.9466.40.04611.943156700.020.04628.999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H4M, chain A

3h4m


解像度: 1.943→47.948 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 918 4.72 %
Rwork0.223 18529 -
obs0.2237 19447 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 179.64 Å2 / Biso mean: 68.8708 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.943→47.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 39 18 2009
Biso mean--69.18 61.67 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6212722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.512786
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9434-2.04590.44031200.39932501262193
2.0459-2.17410.32511600.31652584274497
2.1741-2.34190.34591420.27312617275997
2.3419-2.57760.27971160.26842660277698
2.5776-2.95050.31331160.26362686280298
2.9505-3.71720.2531230.23032694281799
3.7172-47.96250.17821410.17782787292899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.8078 Å / Origin y: -6.7317 Å / Origin z: 21.9875 Å
111213212223313233
T0.3013 Å2-0.0771 Å20.0066 Å2-0.3527 Å20.0123 Å2--0.3822 Å2
L1.8302 °20.1424 °2-0.6829 °2-1.7045 °2-0.6177 °2--5.7689 °2
S0.1154 Å °-0.0821 Å °0.0296 Å °0.0277 Å °0.0238 Å °0.0789 Å °0.061 Å °-0.4277 Å °-0.1264 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA102 - 358
2X-RAY DIFFRACTION1allB439
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 20
4X-RAY DIFFRACTION1allE1
5X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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