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万見
- PDB-3h3j: Crystal structure of lactate dehydrogenase mutant (A85R) from sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3j
タイトルCrystal structure of lactate dehydrogenase mutant (A85R) from staphylococcus aureus complexed with NAD and pyruvate
要素L-lactate dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / alpha-beta motif / Cytoplasm / Glycolysis / NAD / Phosphoprotein / Stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PYRUVIC ACID / L-lactate dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ho, M.-C. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of lactate dehydrogenase mutant (A85R) from staphylococcus aureus complexed with NAD and pyruvate
著者: Ho, M.-C. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase 1
B: L-lactate dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1028
ポリマ－69,4152
非ポリマー1,6876
水5,152286
1
A: L-lactate dehydrogenase 1
B: L-lactate dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase 1
B: L-lactate dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,20416
ポリマ－138,8304
非ポリマー3,37412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area22830 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area38520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.917, 122.120, 74.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-350-

HOH

21B-351-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-lactate dehydrogenase 1 / L-LDH 1


分子量: 34707.477 Da / 分子数: 2 / 変異: A85R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ldh1, SACOL0222 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HJD7, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG2000MME, 0.1M Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.081 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 60471 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 16.693
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.8630.50653241.02987
1.86-1.943.30.41559101.03796.4
1.94-2.033.70.31661111.02299.7
2.03-2.133.90.25861411.074100
2.13-2.274.10.19561501.037100
2.27-2.444.20.14861301.027100
2.44-2.694.20.11161511.012100
2.69-3.074.20.07661871.012100
3.07-3.874.20.05461511.025100
3.87-204.10.03862160.9499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3D4P

3d4p


解像度: 1.8→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.953 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 3065 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.194 57336 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.96 Å2 / Biso mean: 26.855 Å2 / Biso min: 14.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.84 Å20 Å2-0.86 Å2
2--2.64 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4821 0 112 286 5219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.9956844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2235631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53524.771218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33515859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9011530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.53118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14825033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97731920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3094.51808
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 175 -
Rwork0.286 3602 -
all-3777 -
obs--82.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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