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- PDB-3h2y: Crystal structure of YqeH GTPase from Bacillus anthracis with dGD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h2y
タイトルCrystal structure of YqeH GTPase from Bacillus anthracis with dGDP bound
要素GTPase family protein
キーワードHYDROLASE / GTP-binding protein YqeH / possibly involved in replication initiation / CSGID / IDP90222 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP-binding protein, riobosome biogenesis, YqeH / : / : / YqeH-like, C-terminal / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...GTP-binding protein, riobosome biogenesis, YqeH / : / : / YqeH-like, C-terminal / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase family protein / GTPase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Anderson, S.M. / Xu, X. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of YqeH GTPase from Bacillus anthracis with dGDP Bound
著者: Brunzelle, J.S. / Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Xu, U. / Cui, H. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2009年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0662
ポリマ－41,6391
非ポリマー4271
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.130, 58.990, 77.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 GTPase family protein


分子量: 41638.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS4233, BA_4562, GBAA4562, GBAA_4562, YqeH / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81LQ0, UniProt: A0A1J9WBB5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DGI / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / dGDP


タイプ: DNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: 0.1M Na Citrate pH 5.8, 25% PEG 3350, 4% Isopropanal, 2mM d-GTP, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月14日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 34009 / Num. obs: 34009 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.09 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19.65
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.13 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 3.93 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EC1

3ec1


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.043 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2421 1714 5 %RANDOM
Rwork0.21524 ---
obs0.21664 32293 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20 Å21.64 Å2
2---2.91 Å20 Å2
3---2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 27 126 2570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2151.9693407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6645311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.28924.364110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.96615407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2351511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.51595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7422498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22431042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8194.5909
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 121 -
Rwork0.257 2373 -
obs--97.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.72578.90582.313842.1940.55663.17650.32260.69820.8482-1.6656-0.5784-2.4286-0.4436-0.52010.25580.10.10220.1274-0.06420.1770.2178-15.04330.6056-6.97
23.245-0.54180.46864.4628-0.40584.0673-0.137-0.4024-0.24090.51510.27470.6361-0.3459-0.5923-0.1377-0.17070.12760.0497-0.15940.0938-0.1423-21.9578-4.808211.3609
32.3404-0.55130.19442.3779-0.16082.55-0.1098-0.1637-0.41150.20760.11850.14520.0652-0.0152-0.0087-0.28880.0102-0.0172-0.26720.0495-0.1594-13.3863-13.8547.0414
415.31652.6456-4.08934.7359-4.138213.50650.0560.44040.3380.31960.38530.0278-0.0299-0.1753-0.4413-0.37320.0087-0.016-0.188-0.0774-0.1368-4.0469-14.6656-3.8938
54.55824.0570.298824.40067.03517.4482-0.1890.4211-0.5161-0.69670.5568-0.6885-0.250.3706-0.3678-0.3332-0.0388-0.0112-0.245-0.0393-0.2235-9.2777-14.1306-4.0203
61.59661.29330.46342.78060.93728.5879-0.2612-0.6102-0.12371.193-0.05450.0533-1.0051-0.19690.31570.81470.238-0.00690.148-0.0082-0.19-13.84796.415329.3294
76.1271-0.84610.01151.92173.361611.55090.2163-0.37620.5550.26650.0550.3087-1.6685-0.3092-0.27121.21710.2048-0.1405-0.16590.14920.5647-13.374716.282228.5529
86.40322.3742-0.75312.18243.79176.3976-0.1177-0.6094-0.11461.3516-0.36280.4659-1.3263-1.03540.48050.63290.47070.10410.2638-0.0551-0.5514-23.1125.695526.5148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A56 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3A136 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4A184 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5A206 - 220
6X-RAY DIFFRACTION6A221 - 289
7X-RAY DIFFRACTION7A290 - 331
8X-RAY DIFFRACTION8A332 - 368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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