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- PDB-3h1l: Chicken cytochrome BC1 complex with ascochlorin bound at QO and Q... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h1l
タイトルChicken cytochrome BC1 complex with ascochlorin bound at QO and QI sites
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ...) x 2
  • (MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE ...) x 4
  • (MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN ...) x 2
  • Cytochrome b
  • MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / MEMBRANE PROTEIN / HEME PROTEIN / RIESKE IRON SULFUR PROTEIN / CYTOCHROME B / CYTOCHROME C1 / COMPLEX III / ASCOCHLORIN / UBIQUINONE / REDOX ENZYME / RESPIRATORY CHAIN / ELECTRON TRANSPORT / HEME / INNER MEMBRANE IRON / MEMBRANE / METAL-BINDING / MITOCHONDRION / TRANSMEMBRANE / Iron / Mitochondrion inner membrane / Transport / 2Fe-2S / Disulfide bond / Iron-sulfur / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / Complex III assembly / quinol-cytochrome-c reductase / respiratory chain complex III / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / respiratory electron transport chain ...Respiratory electron transport / Complex III assembly / quinol-cytochrome-c reductase / respiratory chain complex III / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3H1 / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Unknown ligand / Mitochondrial cytochrome c1, heme protein / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 ...Chem-3H1 / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Unknown ligand / Mitochondrial cytochrome c1, heme protein / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein i / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Berry, E.A. / Huang, L.S. / Minagawa, N.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Ascochlorin is a novel, specific inhibitor of the mitochondrial cytochrome bc(1) complex.
著者: Berry, E.A. / Huang, L.S. / Lee, D.W. / Daldal, F. / Nagai, K. / Minagawa, N.
履歴
登録2009年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
改定 2.12024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
B: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
C: Cytochrome b
D: MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 14 KDA PROTEIN
G: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
H: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 11 KDA PROTEIN, COMPLEX III SUBUNIT VIII
I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
J: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 7.2 KDA PROTEIN
N: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
O: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
P: Cytochrome b
Q: MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
R: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
S: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 14 KDA PROTEIN
T: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
U: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 11 KDA PROTEIN, COMPLEX III SUBUNIT VIII
V: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
W: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 7.2 KDA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,82958
ポリマ－462,06520
非ポリマー16,76438
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area103430 Å2
ΔGint-699 kcal/mol
Surface area152600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.139, 182.364, 241.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN ... , 2種, 4分子 ANBO

#1: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I


分子量: 49503.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX31*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 46683.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX29*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ

#3: タンパク質 Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / ...Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III


分子量: 42622.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P18946, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN


分子量: 26973.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX26*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ... , 2種, 4分子 ERIV

#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex ...Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit 5


分子量: 21506.188 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 77-272 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex ...Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit 5


分子量: 4785.649 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 1-76 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase

-
MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE ... , 4種, 8分子 FSGTHUJW

#6: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 14 KDA PROTEIN


分子量: 13394.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX30*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C


分子量: 9498.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX32*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 11 KDA PROTEIN, COMPLEX III SUBUNIT VIII


分子量: 9057.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX28*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 7.2 KDA PROTEIN


分子量: 7005.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX27*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

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糖 , 1種, 2分子

#18: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 9種, 50分子

#11: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex ...Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit 5 / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / 参照: quinol-cytochrome-c reductase / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#13: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#14: 化合物
ChemComp-3H1 / 3-chloro-4,6-dihydroxy-2-methyl-5-{(2E,4E)-3-methyl-5-[(1R,2R,6R)-1,2,6-trimethyl-3-oxocyclohexyl]penta-2,4-dien-1-yl}benzaldehyde / ASCOCHLORIN / アスコクロリン


分子量: 404.927 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H29ClO4
#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#17: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細IN THE COORDINATES THE FIRST 15 RESIDUES IN CHAINS I AND V ARE MODELED AS UNK BECAUSE THE SEQUENCE ...IN THE COORDINATES THE FIRST 15 RESIDUES IN CHAINS I AND V ARE MODELED AS UNK BECAUSE THE SEQUENCE ALIGNMENT IS UNKNOWN FOR THE FIRST 42 RESIDUES IN CHAINS I AND V.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.77
詳細: Final concentrations before diffusion: 50 mM Cacodylate, 9.4 mM TrisHCl, 10 mM MgCl2, 50 g/L glycerol, 30 g/L PEG 3350Da, 0.23 mM EDTA, 0.47 g/L undecyl maltoside, 31 mM octyl glucoside, pH 6. ...詳細: Final concentrations before diffusion: 50 mM Cacodylate, 9.4 mM TrisHCl, 10 mM MgCl2, 50 g/L glycerol, 30 g/L PEG 3350Da, 0.23 mM EDTA, 0.47 g/L undecyl maltoside, 31 mM octyl glucoside, pH 6.77, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月29日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 3.2→39.968 Å / Num. all: 125484 / Num. obs: 125484 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 86.7 Å2 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique all: 5884 / Rsym value: 0.99 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT
開始モデル: 2BCC AFTER FURTHER REFINEMENT

2bcc


解像度: 3.21→29.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3437790.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 2491 2 %RANDOM
Rwork0.267 ---
all0.268 125125 --
obs0.268 125125 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.8617 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 106.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-45.71 Å20 Å20 Å2
2---30.7 Å20 Å2
3----15.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.53 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.91 Å0.88 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31797 0 846 14 32657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 358 2.2 %
Rwork0.396 16015 -
obs-16373 91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2hetero10.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3acl.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4water.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5prosthw.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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