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万見
- PDB-3h1e: Crystal structure of Mg(2+) and BeH(3)(-)-bound CheY of Helicobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h1e
タイトルCrystal structure of Mg(2+) and BeH(3)(-)-bound CheY of Helicobacter pylori
要素Chemotaxis protein cheY homolog
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemotaxis / BeF3-bound CheY / Cytoplasm / Flagellar rotation / Magnesium / Metal-binding / Phosphoprotein / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chemotaxis protein CheY1
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lam, K.H. / Ling, T.K. / Au, S.W.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of activated CheY1 from Helicobacter pylori.
著者: Lam, K.H. / Ling, T.K. / Au, S.W.
履歴
登録2009年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32025年6月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein cheY homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5555
ポリマ－14,3451
非ポリマー2114
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.956, 38.098, 38.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-177-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein cheY homolog / Chemotaxis protein CheY1


分子量: 14344.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: CheY1 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P71403
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.778725 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.849339 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Sodium acetate, 35% MPEG2000, 0.05M Ammonium sulfate, 1mM Magnesium chloride, 1:10 beryllium, 1:100 sodium fluoride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月21日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→33.32 Å / Num. obs: 4888 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.27 % / Rmerge(I) obs: 0.019 / Net I/σ(I): 55.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.36 % / Rmerge(I) obs: 0.029 / Mean I/σ(I) obs: 39 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GWG

3gwg


解像度: 2.4→33.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.156 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.291
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22013 167 4.4 %RANDOM
Rwork0.15137 ---
obs0.15449 3613 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.05 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数966 0 11 58 1035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.9931330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4331645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2375122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3925.64139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08515195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.323155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4811.5611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0981.5248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9262996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5433374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5244.5334
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 6 -
Rwork0.177 223 -
obs--84.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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