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- PDB-3gyl: Structure of Prostasin at 1.3 Angstroms resolution in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gyl
タイトルStructure of Prostasin at 1.3 Angstroms resolution in complex with a Calcium Ion.
要素Prostasin
キーワードHYDROLASE / PROSTASIN / ENAC / ZYMOGEN / DIVALENT CATION / CHANNEL ACTIVATING / Cell membrane / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Protease / Secreted / Serine protease / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the cornified envelope / positive regulation of sodium ion transport / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Spraggon, G. / Hornsby, M. / Shipway, A. / Harris, J.L. / Lesley, S.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Active site conformational changes of prostasin provide a new mechanism of protease regulation by divalent cations.
著者: Spraggon, G. / Hornsby, M. / Shipway, A. / Tully, D.C. / Bursulaya, B. / Danahay, H. / Harris, J.L. / Lesley, S.A.
履歴
登録2009年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Prostasin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4514
ポリマ－28,2271
非ポリマー2243
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.112, 54.039, 82.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Prostasin / Serine protease 8 / Prostasin light chain / Prostasin heavy chain


分子量: 28226.553 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 45-305, Peptidase S1 Domain of Prostasin heavy chain
変異: C122S,N127Q,C170S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hCAP1, PRSS8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9
参照: UniProt: Q16651, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% Peg-3000, 0.2M Calcium Acetate buffered with 0.1M Tris at pH 7.0,, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→45 Å / Num. obs: 57859 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 6.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5058 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3E1X

3e1x


解像度: 1.3→45 Å / SU ML: 1.04 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: througout / σ(F): 0.12 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1776 2630 4.94 %RANDOM
Rwork0.1531 ---
obs0.1544 53269 88.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.487 Å2 / ksol: 0.437 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0451 Å20 Å20 Å2
2--1.8413 Å20 Å2
3----1.7963 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1873 0 13 367 2253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.86
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.32370.2868940.25792042X-RAY DIFFRACTION68
1.3237-1.34910.27761080.22212069X-RAY DIFFRACTION70
1.3491-1.37670.21271070.20852222X-RAY DIFFRACTION75
1.3767-1.40660.18731290.20052250X-RAY DIFFRACTION76
1.4066-1.43930.21341050.18532360X-RAY DIFFRACTION79
1.4393-1.47530.22171340.17132567X-RAY DIFFRACTION85
1.4753-1.51520.18281150.15862556X-RAY DIFFRACTION86
1.5152-1.55980.19241410.14652612X-RAY DIFFRACTION88
1.5598-1.61020.15521420.1362696X-RAY DIFFRACTION90
1.6102-1.66770.17011340.13722742X-RAY DIFFRACTION91
1.6677-1.73450.17491340.14572793X-RAY DIFFRACTION93
1.7345-1.81340.18091740.1342798X-RAY DIFFRACTION94
1.8134-1.9090.18241360.13812875X-RAY DIFFRACTION96
1.909-2.02860.15781760.13282907X-RAY DIFFRACTION97
2.0286-2.18530.14511570.13492977X-RAY DIFFRACTION98
2.1853-2.40520.17681700.14112955X-RAY DIFFRACTION98
2.4052-2.75320.18511580.15013028X-RAY DIFFRACTION99
2.7532-3.46850.1531510.13933052X-RAY DIFFRACTION99
3.4685-45.28360.15981650.15123138X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.4561 Å / Origin y: -0.0525 Å / Origin z: -15.8634 Å
111213212223313233
T0.0178 Å20.0011 Å20.0024 Å2-0.0166 Å2-0 Å2--0.0304 Å2
L0.1612 °2-0.0577 °20.0425 °2-0.2948 °2-0.0404 °2--0.4589 °2
S-0.0066 Å °-0.0046 Å °-0.0084 Å °0.0026 Å °-0.0011 Å °0.0267 Å °-0.0099 Å °-0.0317 Å °0.0069 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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