PDB-3gri: The Crystal Structure of a Dihydroorotase from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gri

タイトル

The Crystal Structure of a Dihydroorotase from Staphylococcus aureus

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / IDP00795 / Metal-binding / Pyrimidine biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

allantoinase activity / dihydroorotase / purine nucleobase catabolic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Dihydroorotase from Staphylococcus aureus
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2009年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gri.cif.gz	182.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gri.ent.gz	146.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jqe-d 2z00-d 6m8n-d 5bvc-d 1n2k-d 6smd-1 5o9t-2 7jhi-2 3g4g-3 2xtz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00795

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (8) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

94.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.217, 55.229, 85.647
Angle α, β, γ (deg.)	88.33, 76.56, 76.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 46849.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (黄色ブドウ球菌) 株: aureus COL / 遺伝子: MW1084, pyrC, pyrC SACOL1213 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 De3 / 参照: UniProt: P65907, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 2M Ammonium Sulphate, 5% Iso-propanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 54638 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.083
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.652 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BLU-MAX		データ収集
PHENIX	SHARP	モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	SHARP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 9.514 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS Refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23673	2934	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18869	-	-	-
obs	0.19117	54638	97.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.698 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	-0.36 Å²	-0.34 Å²
2-	-	1.42 Å²	0.51 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6459	0	9	478	6946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.968	8943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.492	5	845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.733	25.31	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.131	15	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.689	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.192	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.088	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.123	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.742	1.5	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.986	2	6779
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.036	3	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.871	4.5	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	207	-
R_work	0.227	3994	-
obs	-	-	96.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.161	2.7512	-1.7015	2.3103	-2.0708	1.9757	0.4245	-1.2343	-1.4385	-0.3037	-1.03	-0.9128	0.6142	0.319	0.6055	0.0059	0.0913	0.1711	0.0464	0.4522	0.8138	82.3181	1.213	40.4538
2	1.9502	0.4651	-0.3824	1.6815	-0.1793	0.3569	0.0498	-0.8749	-0.3532	-0.0347	-0.1274	-0.1958	0.0007	0.1609	0.0776	-0.105	0.0267	0.0209	0.0972	0.14	-0.0425	69.5699	23.8526	43.9306
3	2.6735	-0.4394	0.5028	1.9776	-1.7424	3.6718	-0.0923	-0.6644	0.0038	-0.0382	-0.0999	-0.0349	-0.2524	0.1527	0.1922	-0.1145	-0.0036	0.0035	0.0653	-0.0468	-0.1077	77.0298	36.7698	39.0825
4	1.765	-5.5932	3.0505	23.4916	-20.5643	25.8635	-0.2838	-0.7766	0.1374	0.8485	0.872	0.7895	-0.9797	-1.2389	-0.5882	-0.0625	0.0406	0.017	0.0704	-0.1262	-0.0142	65.0453	42.7236	29.3661
5	9.3818	0.5398	0.175	0.6922	-0.0794	2.3722	-0.0469	-0.0886	-0.0111	-0.0424	-0.1093	-0.0466	-0.145	0.0286	0.1563	-0.001	0.01	0.0129	-0.1549	-0.0851	-0.1072	70.471	38.3052	25.7014
6	1.8387	-0.2573	-0.1296	0.4419	-0.5082	1.3592	-0.0065	-0.2251	-0.299	-0.1629	0.031	0.0246	0.0844	-0.0669	-0.0246	0.0014	-0.0077	0.0164	-0.1538	-0.0323	-0.0446	54.9275	27.8187	27.9093
7	1.7054	0.0563	-0.3356	1.3004	-0.5055	1.8046	-0.0326	-0.4986	-0.5032	-0.1791	-0.0609	-0.0651	0.2573	0.0192	0.0936	-0.0901	0.0144	0.0238	-0.121	0.1002	-0.0193	61.9222	18.5518	37.1583
8	4.7021	0.47	-1.05	2.8992	-0.3742	2.4424	0.0143	-0.7523	-0.8791	0.0428	-0.287	-0.4019	0.2474	0.2042	0.2727	-0.1462	0.0325	0.0135	-0.0294	0.3151	0.0759	67.6578	11.582	44.8812
9	4.1866	-0.5985	3.6595	3.3971	-0.411	5.3724	0.1649	1.1051	0.0446	-0.4843	-0.2251	0.4086	0.1185	0.0968	0.0602	-0.0946	-0.0337	-0.0395	0.203	-0.0003	-0.2153	32.9858	46.6434	-24.6815
10	2.7633	0.7682	1.3474	0.9038	0.807	1.5904	-0.1733	0.5513	0.5964	-0.0107	0.0016	0.1002	-0.0389	0.1702	0.1717	-0.0536	-0.0467	-0.0287	-0.0464	0.0925	-0.0191	45.9872	58.0098	-5.8623
11	2.5209	-0.3414	1.8598	1.7928	-1.6152	5.583	-0.1439	0.1802	0.6477	0.2339	0.0763	-0.0662	-0.1267	-0.0261	0.0675	-0.0173	-0.0072	-0.0323	-0.197	-0.0574	0.0865	39.5668	60.7534	7.3297
12	2.9426	-2.227	3.6409	3.4604	-3.5563	6.4081	-0.3474	0.0099	0.3409	0.3642	0.0902	-0.1071	-0.4324	0.1002	0.2573	0.0458	-0.0202	-0.0183	-0.1816	-0.1383	-0.053	42.1297	52.4726	15.3297
13	7.7604	0.9362	-0.4372	1.2704	-0.0728	0.9217	-0.2115	-0.0526	-0.0098	0.0261	-0.0517	-0.1074	0.0444	-0.1329	0.2632	0.0427	0.0108	0.0061	-0.1656	-0.1029	-0.0752	44.6945	45.7578	15.5547
14	2.3276	0.5871	0.1846	0.487	-0.1928	0.7851	-0.0441	0.3372	0.0842	0.0429	0.0353	-0.0467	0.0703	0.04	0.0089	0.0199	0.0106	0.03	-0.1142	-0.0605	-0.0795	61.1436	44.6595	5.0184
15	2.1553	0.2723	0.6035	0.9844	0.2039	0.8625	-0.0842	0.6951	0.3136	-0.0133	-0.0141	-0.0456	0.077	0.0737	0.0983	-0.0784	-0.0283	0.006	0.0804	0.0274	-0.1565	50.6276	49.7102	-8.2956
16	2.9373	0.1873	-0.4877	1.2657	0.2375	0.7134	-0.1435	1.1809	0.6848	-0.2428	0.0029	-0.0185	-0.2061	0.1053	0.1406	-0.0535	-0.0677	-0.027	0.2619	0.2465	-0.0482	51.7278	58.2295	-16.7333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	148 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	161 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	182 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	304 - 364
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	365 - 422
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 45
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	46 - 93
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	94 - 130
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	131 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	159 - 180
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	181 - 297
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	298 - 379
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	380 - 423

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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