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万見
- PDB-3gr1: Periplasmic domain of the T3SS inner membrane protein PrgH from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gr1
タイトルPeriplasmic domain of the T3SS inner membrane protein PrgH from S.typhimurium (fragment 170-392)
要素Protein prgH
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Type III secretion system / inner membrane protein / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #170 / Alpha-Beta Plaits - #1780 / Alpha-Beta Plaits - #1770 / Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yip, C.K. / Vockovic, M. / Yu, A.C. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: A conserved structural motif mediates formation of the periplasmic rings in the type III secretion system.
著者: Spreter, T. / Yip, C.K. / Sanowar, S. / Andre, I. / Kimbrough, T.G. / Vuckovic, M. / Pfuetzner, R.A. / Deng, W. / Yu, A.C. / Finlay, B.B. / Baker, D. / Miller, S.I. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月13日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein prgH
B: Protein prgH
C: Protein prgH
D: Protein prgH
E: Protein prgH
F: Protein prgH
G: Protein prgH
H: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,7848
ポリマ－211,7848
非ポリマー00
水00
1
A: Protein prgH

A: Protein prgH

B: Protein prgH
C: Protein prgH
D: Protein prgH

B: Protein prgH
C: Protein prgH
D: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,7848
ポリマ－211,7848
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation4_655x+1,-y,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area21440 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area75870 Å2
手法PISA
2
F: Protein prgH

F: Protein prgH

H: Protein prgH

H: Protein prgH

E: Protein prgH
G: Protein prgH

E: Protein prgH
G: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,7848
ポリマ－211,7848
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation7_445-x-1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation5_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area22040 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area74160 Å2
手法PISA
3
A: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
E: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
F: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
G: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
H: Protein prgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4731
ポリマ－26,4731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.607, 188.748, 305.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Protein prgH


分子量: 26472.988 Da / 分子数: 8 / 断片: PrgH periplasmic domain (170-392) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: prgH, STM2874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41783

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% (w/v) PEG 3350 + 0.2 M tri-ammonium citrate + 0.1M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→152.5 Å / Num. obs: 55188 / % possible obs: 96.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GR0

3gr0


解像度: 2.8→152.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU ML: 0.326 / ESU R: 1.843 / ESU R Free: 0.417
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 2812 5.1 %
Rwork0.247 --
obs-55188 96.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 48.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å20 Å20 Å2
2--3.11 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→152.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12624 0 0 0 12624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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