[日本語] English
万見
- PDB-2woq: Porphobilinogen Synthase (HemB) in Complex with 5-acetamido-4- ox... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2woq
タイトルPorphobilinogen Synthase (HemB) in Complex with 5-acetamido-4- oxohexanoic acid (Alaremycin 2)
要素DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
キーワードLYASE/ANTIBIOTIC / LYASE-ANTIBIOTIC COMPLEX / LYASE ANTIBIOTIC COMPLEX / METAL-BINDING / HEME BIOSYNTHESIS / PORPHYRIN BIOSYNTHESIS / PORPOBILINOGEN SYNTHASE / HEMB / LYASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALAREMYCIN 2 / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Heinemann, I.U. / Schulz, C. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W. / Wang, Y.-G. / Kobayashi, Y. / Awa, Y. / Wachi, M. / Jahn, D. / Jahn, M.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2010
タイトル: Structure of the heme biosynthetic Pseudomonas aeruginosa porphobilinogen synthase in complex with the antibiotic alaremycin.
著者: Heinemann, I.U. / Schulz, C. / Schubert, W.D. / Heinz, D.W. / Wang, Y.G. / Kobayashi, Y. / Awa, Y. / Wachi, M. / Jahn, D. / Jahn, M.
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_biol / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,43312
ポリマ－37,0781
非ポリマー2,35511
水3,171176
1
A: DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,46396
ポリマ－296,6238
非ポリマー18,84088
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area51970 Å2
ΔGint-172.61 kcal/mol
Surface area70990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.444, 84.444, 158.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1338-

EPE

21A-2156-

HOH

31A-2176-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE / PORPHOBILINOGEN SYNTHASE / ALADH / ALAD


分子量: 37077.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLUS / 参照: UniProt: Q59643, porphobilinogen synthase

-
非ポリマー , 5種, 187分子

#2: 化合物 ChemComp-AYC / ALAREMYCIN 2 / (5R)-5-ACETAMIDO-4-OXO-HEXANOIC ACID / (5R)-4-オキソ-5-(アセチルアミノ)ヘキサン酸


分子量: 187.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE HETGROUP AYC (ALAREMYCIN 2) DIFFERS FROM ALAREMYCIN, AN ANTIBIOTIC ISOLATED FROM STREPTOMYCES ...THE HETGROUP AYC (ALAREMYCIN 2) DIFFERS FROM ALAREMYCIN, AN ANTIBIOTIC ISOLATED FROM STREPTOMYCES SP. ATCC: A012304, BY THE REDUCTION/HYDROGENATION OF THE C5 C=C DOUBLE BOND ADJACENT TO THE CENTRAL KETONE GROUP. THIS RESULTS IN A NON-PLANAR SP3-HYBRIDIZED C5 AND AN ADJACENT METHYL GROUP. ALAREMYCIN AND ITS PURIFICATION ARE DESCRIBED IN HTTP://WWW.JSTAGE.JST.GO.JP/ARTICLE/BBB/69/9/69_1721/ THE BOND BETWEEN ATOM NZ OF LYS A260 AND AYC A1333 IS A DOUBLE SCHIFF BASE BOND.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 MM HEPES PH 7.5, 200 MM MGCL2, 30 % PEG400 TEMPERATURE = 17 C PROTEIN CONCENTRATION = 20 MG/ML

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95373
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25.3 Å / Num. obs: 29316 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZG

1gzg


解像度: 1.75→25.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.847 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17966 1488 5.1 %RANDOM
Rwork0.1456 ---
obs0.14736 27822 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2531 0 97 176 2804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222848
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.9983867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1745374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36623.285137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.79815478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1321531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5621.51715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.37822772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72531133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9214.51071
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 103 -
Rwork0.235 2006 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98940.9109-1.11932.0523-0.75632.8123-0.03070.0422-0.07540.0095-0.024-0.00880.01610.01640.05460.0680.0045-0.02180.034-0.01540.0451-20.75891.7783-20.1697
20.6218-0.0926-0.63340.3550.26191.15790.07710.06790.0707-0.0193-0.04760.0952-0.1044-0.2262-0.02950.04460.0266-0.00280.1145-0.01810.0738-36.604317.962813.8051
31.2595-0.7158-1.16543.26261.06741.773-0.0340.1867-0.1965-0.1218-0.1850.5115-0.0279-0.3640.2190.01250.0111-0.00820.1039-0.03730.1002-39.499811.577116.2279
41.38510.41430.14351.57810.62881.25420.0026-0.12360.01450.0967-0.09730.1987-0.0129-0.20090.09470.04810.01790.02640.0869-0.01170.0616-32.770216.212428.8235
51.9287-0.2049-0.20920.7407-0.02111.0744-0.0308-0.08120.18780.0110.0201-0.0751-0.15940.02020.01070.08980.01170.0080.0745-0.02890.0609-18.396521.881230.6489
60.76260.3188-0.25311.0611-0.31651.35480.0007-0.0230.03710.0627-0.00170.0698-0.0612-0.04980.0010.05190.00870.0070.0557-0.01690.0527-19.446313.222522.5112
74.64770.4121-0.81780.24910.21140.52420.15880.0710.4577-0.08590.0406-0.0364-0.16830.058-0.19940.1264-0.01570.0210.0325-0.010.1081-21.3230.790718.1478
80.606-0.0633-0.02980.2692-0.22620.6781-0.00920.04920.0159-0.03950-0.0113-0.0260.02280.00930.05470.00140.00290.0558-0.00460.0358-12.385113.926811.2865
91.2236-0.79540.42452.0139-1.11841.75380.02330.09870.0521-0.0210.00260.0373-0.0692-0.1602-0.02590.05010.00140.010.0993-0.0050.0568-26.099318.31843.9982
101.3269-0.6477-0.56760.67430.32711.73330.00460.1162-0.0691-0.0264-0.02280.0903-0.0168-0.13360.01820.0362-0.003-0.0040.06-0.00860.0337-27.000512.71242.6271
1117.0296-3.91180.196513.07573.891814.09630.371.2057-0.9731-0.8242-0.15370.6577-0.2807-0.3481-0.21630.05470.0294-0.04910.2005-0.00240.1811-38.594812.18863.2024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4A88 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5A131 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6A168 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7A216 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8A230 - 274
9X-RAY DIFFRACTION9A275 - 303
10X-RAY DIFFRACTION10A304 - 326
11X-RAY DIFFRACTION11A327 - 333

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る