PDB-3gpk: Crystal Structure of PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomeras...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gpk

タイトル

Crystal Structure of PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain at 1.55A resolution.

要素

PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

ISOMERASE / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / ROTAMASE / PPIase domain / NYSGXRC / 11189O3 / PSI2. / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / Chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Satyanarayana, L. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain at 1.55A resolution.
著者: Satyanarayana, L. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.

履歴

登録	2009年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gpk.cif.gz	59.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gpk.ent.gz	42.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gpk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/3gpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/3gpk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ld6-d 5d9r-d 4nxj-3 2mr8-d 3htu-4 4nxj-2 3rcw-5 6jzn-1 4fxh-1 3iwf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11189o

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

B: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.020, 61.407, 41.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 分子量: 12254.417 Da / 分子数: 2 断片: PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10-INVITROGEN 由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) 株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_0888 / プラスミド: pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon+RIL / 参照: UniProt: Q2G9Z0, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5 HEPES BUFFER AND 2M AMMONIUM SULPHATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 28915 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 17.6 / Num. unique all: 1063 / R_sym value: 0.298 / % possible all: 74.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHELXCD		位相決定
SHARP		位相決定
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1061	-	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
all	0.213	28915	-	-
obs	0.201	28915	94.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.52 Å²	0 Å²	-2.62 Å²
2-	-	-2.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.22 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.28 Å	0.24 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.27 Å	0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1651	0	10	237	1898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.053
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	2.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.93
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.65 Å / R_factor R_free error: 0.034

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	149	-
R_work	0.367	-	-
obs	-	3443	74.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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