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- PDB-3go7: Crystal Structure of M. tuberculosis ribokinase (Rv2436) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3go7
タイトルCrystal Structure of M. tuberculosis ribokinase (Rv2436) in complex with ribose
要素RIBOKINASE RBSK
キーワードTRANSFERASE / phosphofructokinase / carbohydrate kinase / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribokinase / Ribokinase/fructokinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-ribofuranose / Ribokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Masters, E.I. / Sun, Y. / Wang, Y. / Parker, W.B. / Li, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and biochemical characterization of M.tuberculosis ribokinase (Rv2436)
著者: Masters, E.I. / Sun, Y. / Wang, Y. / Parker, W.B. / Li, R.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOKINASE RBSK
B: RIBOKINASE RBSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4655
ポリマ－62,2662
非ポリマー1993
水4,125229
1
A: RIBOKINASE RBSK
ヘテロ分子

B: RIBOKINASE RBSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4655
ポリマ－62,2662
非ポリマー1993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21760 Å2
手法PISA
2
A: RIBOKINASE RBSK
B: RIBOKINASE RBSK
ヘテロ分子

A: RIBOKINASE RBSK
B: RIBOKINASE RBSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,92910
ポリマ－124,5324
非ポリマー3976
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area41340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.025, 119.207, 89.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RIBOKINASE RBSK


分子量: 31132.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: rbsK, Rv2436 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P71913, ribokinase
#2: 糖 ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, 16% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月9日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing. Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror.
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 26190 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.197 / Net I/σ(I): 19.959
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.542.20.43811711.09189.6
2.54-2.592.60.39912650.96195.8
2.59-2.6430.38912850.93998
2.64-2.693.20.36213161.00499.5
2.69-2.753.50.30113111.03399.9
2.75-2.823.60.2713171.08100
2.82-2.893.70.23113341.129100
2.89-2.963.80.213031.164100
2.96-3.053.80.17913071.27299.8
3.05-3.153.80.13213211.298100
3.15-3.263.80.11113371.606100
3.26-3.393.80.08513071.516100
3.39-3.553.80.07413131.707100
3.55-3.733.80.06513221.8899.8
3.73-3.973.80.05813251.725100
3.97-4.273.80.05213201.13999.8
4.27-4.73.80.04113210.9399.8
4.7-5.383.80.03313330.62399.9
5.38-6.783.80.02713260.69799.9
6.78-503.70.01913560.83199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.5→42.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.834 / SU B: 8.147 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.337 / SU Rfree: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1308 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.179 25905 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.05 Å2 / Biso mean: 45.245 Å2 / Biso min: 22.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.47 Å20 Å20.1 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4010 0 12 229 4251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9615632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3575572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78723.649148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.91815522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0381534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22847
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8161.52899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45724564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95431275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.324.51068
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 76 -
Rwork0.314 1705 -
all-1781 -
obs--92.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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