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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3glv
タイトルCrystal structure of the lipopolysaccharide core biosynthesis protein from Thermoplasma volcanium GSS1
要素Lipopolysaccharide core biosynthesis protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / lipopolysaccharide core biosynthesis protein / Structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN metabolic process / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
FAD synthase RibL / : / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / FAD synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium GSS1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Zhang, R. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the lipopolysaccharide core biosynthesis protein from Thermoplasma volcanium GSS1
著者: Zhang, R. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide core biosynthesis protein
B: Lipopolysaccharide core biosynthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7235
ポリマ－32,1842
非ポリマー5393
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9.8 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.391, 67.187, 99.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide core biosynthesis protein


分子量: 16091.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium GSS1 (古細菌)
株: GSS1 / DSM 4299 / IFO 15438 / JCM 9571 / 遺伝子: GI:14325477, TV1239, TVG1279046 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q979C2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Calcium chloride, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
反射解像度: 1.99→55.64 Å / Num. all: 27710 / Num. obs: 26291 / % possible obs: 94.88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 29.67
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2116 / % possible all: 69.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.99→55.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.186 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.142
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24228 1390 5 %RANDOM
Rwork0.19454 ---
all0.19694 26291 --
obs0.19694 26291 94.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.44 Å20 Å20 Å2
2---2.28 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→55.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 33 164 2117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7332.0022653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95133315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5055241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5424.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4915394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0281.51200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2511.5497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89321949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9743771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6814.5704
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 83 -
Rwork0.292 1390 -
obs-1473 69.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.011 Å / Origin y: 42.24 Å / Origin z: -9.897 Å
111213212223313233
T0.2604 Å20.0387 Å2-0.023 Å2-0.1421 Å20.0067 Å2--0.0177 Å2
L0.9258 °20.4842 °2-0.8864 °2-1.1041 °2-0.4773 °2--1.5034 °2
S-0.0894 Å °-0.0532 Å °-0.036 Å °-0.0247 Å °-0.0171 Å °-0.0348 Å °0.2213 Å °0.0671 Å °0.1066 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1A61 - 121
3X-RAY DIFFRACTION1B0 - 60
4X-RAY DIFFRACTION1B61 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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