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- PDB-3gkw: Crystal structure of the Fab fragment of Nimotuzumab. An anti-epi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gkw
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of Nimotuzumab. An anti-epidermal growth factor receptor antibody
要素
  • Heavy chain of the antibody Nimotuzumab
  • Light chain of the antibody Nimotuzumab
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTITUMOR PROTEIN / Immunoglobulin fold / Displaced strictly conserved TRP 103 following Kabat numbering
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Talavera, A. / Friemann, R. / Martinez-Fleites, C. / Moreno, E. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2009
タイトル: Nimotuzumab, an antitumor antibody that targets the epidermal growth factor receptor, blocks ligand binding while permitting the active receptor conformation
著者: Talavera, A. / Friemann, R. / Gomez-Puerta, S. / Martinez-Fleites, C. / Garrido, G. / Rabasa, A. / Lopez-Requena, A. / Pupo, A. / Johansen, R.F. / Sanchez, O. / Krengel, U. / Moreno, E.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of the antibody Nimotuzumab
L: Light chain of the antibody Nimotuzumab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2444
ポリマ－47,9002
非ポリマー3442
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.223, 84.223, 138.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-244-

HOH

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of the antibody Nimotuzumab


分子量: 23717.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Humanized antibody by CDR grafting from a mouse source
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: B cell / 遺伝子: Immonoglobulin / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): NSO / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Light chain of the antibody Nimotuzumab


分子量: 24182.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Humanized antibody by CDR grafting from a mouse source
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: B cell / 遺伝子: Immonoglobulin / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): NSO / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 0.1 M MES, 25% PEG 1000, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月5日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: cut single Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 17556 / Num. obs: 17486 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLi711データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1uyw

1uyw


解像度: 2.5→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 21.529 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.527 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28375 889 5.1 %RANDOM
Rwork0.21379 ---
obs0.21747 16678 98.01 %-
all-17556 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3078 0 23 183 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.9454318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9785395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55824.341129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.69815489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.641511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7041.51992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3723233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16731187
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3434.51085
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 64 -
Rwork0.266 1184 -
obs--97.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13410.6574-0.2261.57750.15240.7586-0.0539-0.0246-0.00660.01710.0115-0.00410.02250.08230.04250.03220.0112-0.00180.0543-0.00110.003416.0511-12.511-23.1042
22.2249-0.2009-0.34372.0541.14951.0022-0.06190.07560.0545-0.3968-0.41920.7747-0.1249-0.33560.48110.10420.0566-0.14030.1198-0.17240.3105-12.2273-10.0545-25.0086
31.7869-0.1093-0.47350.84780.32710.52690.03920.1017-0.0693-0.0194-0.05120.1001-0.03370.0150.0120.04860.0119-0.00160.0287-0.01590.018911.21945.3072-11.0043
40.38250.95840.49794.57560.99810.9694-0.0229-0.00030.09190.1059-0.31220.62230.068-0.13040.33510.0648-0.04250.09830.1915-0.23510.3562-18.8267-7.2468-10.8242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H7 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2H121 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4L121 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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