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万見
- PDB-3giv: Antigen processing influences HIV-specific cytotoxic T lymphocyte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3giv
タイトルAntigen processing influences HIV-specific cytotoxic T lymphocyte immunodominance
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HIV-1 peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / MHC / escape / antigen / immune recognition / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted'
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / viral process / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Gag protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stewart-Jones, G. / Iversen, A.K.N. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2009
タイトル: Antigen processing influences HIV-specific cytotoxic T lymphocyte immunodominance
著者: Tenzer, S. / Wee, E. / Burgevin, A. / Stewart-Jones, G. / Friis, L. / Lamberth, K. / Chang, C.-H. / Harndahl, M. / Weimershaus, M. / Gerstoft, J. / Akkad, N. / Klenerman, P. / Fugger, L. / ...著者: Tenzer, S. / Wee, E. / Burgevin, A. / Stewart-Jones, G. / Friis, L. / Lamberth, K. / Chang, C.-H. / Harndahl, M. / Weimershaus, M. / Gerstoft, J. / Akkad, N. / Klenerman, P. / Fugger, L. / Jones, E.Y. / McMichael, A.J. / Buus, S. / Schild, H. / van Endert, P. / Iversen, A.K.N.
履歴
登録2009年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV-1 peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV-1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7246
ポリマ－89,7246
非ポリマー00
水12,412689
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HIV-1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8623
ポリマ－44,8623
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: HIV-1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8623
ポリマ－44,8623
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.581, 88.185, 63.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2 / HLA-A*0201


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in UNP 25-299 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 peptide


分子量: 1128.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: Q9YYH6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器日付: 2007年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 58952 / % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.167 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V2X

2v2x


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 7.131 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 2975 5 %RANDOM
Rwork0.19399 ---
obs0.19625 55945 98.81 %-
all-58952 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6 Å20 Å20.16 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6326 0 0 689 7015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.9218836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.86223.143350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.559151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0611556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.24260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2830.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8061.53988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19526180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99233011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0144.52656
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 226 -
Rwork0.229 4096 -
obs--98.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04380.37780.2150.7999-0.17321.5526-0.0184-0.0724-0.04920.19170.00370.079-0.105-0.05980.0147-0.0460.02040.0304-0.08110.0038-0.06634.9782-3.774726.4576
26.1655-0.7553-2.77881.0050.63962.5648-0.17350.2271-0.2567-0.00230.0074-0.01270.0409-0.00360.1661-0.0822-0.01390.0086-0.020.0017-0.07120.6288-8.0569-5.6637
31.58650.11840.53870.7666-0.29823.4111-0.06620.10860.12410.0119-0.03290.0193-0.2290.08720.0991-0.068-0.0115-0.0238-0.04330.0244-0.029813.165510.41145.2937
415.88412.553712.3931.78090.466111.36920.0106-1.427-0.04580.4621-0.19290.1002-0.0862-1.49070.18220.06170.09030.06740.0955-0.0518-0.05432.7817-3.481235.4597
52.4545-0.1007-0.85620.55620.0211.5536-0.02490.12620.0894-0.11110.030.0610.0112-0.1151-0.0051-0.0589-0.0048-0.0268-0.07190.0115-0.054120.4211-40.26915.5014
64.86270.55782.43261.08770.35072.657-0.1936-0.16420.160.04840.0297-0.0484-0.1686-0.03060.1638-0.0489-0.002-0.0201-0.06180.0014-0.063636.0498-36.031437.5158
71.8978-0.0074-0.93880.6498-0.3414.6535-0.0564-0.1253-0.10440.0119-0.01030.03420.38810.03260.0667-0.0247-0.00260.0166-0.09040.0161-0.036328.5296-54.504726.6728
814.6783-3.6323-12.19462.7272.401810.3386-0.02681.09730.01-0.3424-0.21430.0466-0.4874-0.97240.2411-0.0326-0.0099-0.05660.0985-0.029-0.072318.2858-40.4561-3.4719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 181
6X-RAY DIFFRACTION6D182 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7E0 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8F1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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